workLog: Conda的安装 Conda安装pyrosetta

2020.5.7
Conda version:
Python 3.7 Miniconda Linux 64-bit
https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装路径：
/home/ws/miniconda3

使用方法：
miniconda3/bin/

. ./activate

参考文章：
https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d

在安装过程中没有加入环境变量的选择，但是显示environment done。吓死了。实际还是要去activate使用。

activate之后去pyrosetta的folder下，

#设置python3.6环境
conda create --name py36 python=3.6
activate py36

Conda安装pyrosetta
参考： https://www.jianshu.com/p/bc9b4993075b?utm_campaign=maleskine&utm_content=note&utm_medium=reader_share&utm_source=weixin

conda 加源

conda config --show-resource
conda config --add channels https://levinthal:[email protected]

conda install pyrosetta

最后一个pyrosetta极慢

配置

参考了https://zhuanlan.zhihu.com/p/103840837
安装pymol, 依然conda。

conda install -c schrodinger pymol
但是conda里面打不开pymol，开了新窗口直接pymol的。

打开Pymol, File>Edit pymolrc.
建立了一个新的pymolrc文件，里面写上
run /home/ws/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/pyrosetta/PyMOLRosettaServer.py

重启PyMOL,出现了

PyMOL>run /home/ws/miniconda3/lib/python3.7/site-packages/pyrosetta/PyMOLRosettaServer.py
PyMOL <—> PyRosetta link started!
at 127.0.0.1 port 65000