【Python】Matplotlib画图（十）——基于networkx画关系网络图
前言
昨天才开始接触，鼓捣了一个下午，接下来会持续更新，如果哪里有错误的地方，望各位大佬指出，谢谢！
数据描述
两个文件，一个文件包含了网络图的节点，节点存在类别（0，1，2，3）四类，但是0类别舍去，不画出；另一个文件包含了网络图的边，数据基本特征如下：
图1中，id表示节点，b是类别；图2中，两个数字表示边连接的两个点。
Networkx
安装
我的系统是Mac OS，直接在terminal输入sudo pip install networkx就可以安装，由于代码中涉及几个函数，在python3中会报错，我用python2.7.13实现的
基本使用方法
import networkx as nx #导入networkx包
import matplotlib.pyplot as plt #导入绘图包matplotlib（需要安装，方法见第一篇笔记）
G =nx.random_graphs.barabasi_albert_graph(100,1) #生成一个BA无标度网络G
nx.draw(G) #绘制网络G
plt.savefig("ba.png") #输出方式1: 将图像存为一个png格式的图片文件
plt.show() #输出方式2: 在窗口中显示这幅图像参数介绍
基本
- `node_size`: 指定节点的尺寸大小(默认是300，单位未知，就是上图中那么大的点)- `node_color`: 指定节点的颜色 (默认是红色，可以用字符串简单标识颜色，例如'r'为红色，'b'为绿色等，具体可查看手册)
- `node_shape`: 节点的形状（默认是圆形，用字符串'o'标识，具体可查看手册）
- `alpha`: 透明度 (默认是1.0，不透明，0为完全透明)
- `width`: 边的宽度 (默认为1.0)
- `edge_color`: 边的颜色(默认为黑色)
- `style`: 边的样式(默认为实现，可选： solid|dashed|dotted,dashdot)
- `with_labels`: 节点是否带标签（默认为True）
- `font_size`: 节点标签字体大小 (默认为12)
- `font_color`: 节点标签字体颜色（默认为黑色）
布局
circular_layout：节点在一个圆环上均匀分布
random_layout：节点随机分布
shell_layout：节点在同心圆上分布
spring_layout： 用Fruchterman-Reingold算法排列节点
spectral_layout：根据图的拉普拉斯特征向量排列节点
random_layout：节点随机分布
shell_layout：节点在同心圆上分布
spring_layout： 用Fruchterman-Reingold算法排列节点
spectral_layout：根据图的拉普拉斯特征向量排列节点
代码
# coding:utf-8
import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt
import csv
with open('node-8.csv','rb') as csvfile:
reader = csv.DictReader(csvfile)
column = [row['b'] for row in reader]
id_tag0 = [row['id'] for row in reader]
#print column
id_tag = []
for item in id_tag0:
id_tag.append(int(item))
# =================Setting node parameters====================
node_0 = []
node_1 = []
node_2 = []
node_3 = []
node_color = []
node_color_y = []
node_color_r = []
node_color_g = []
node_color_b = []
node_shape = []
node_shape_0 = []
node_shape_1 = []
node_shape_2 = []
node_shape_3 = []
for i in range(len(column)):
if int(column[i]) == 0:
pass
elif int(column[i]) == 1:
color = 'r'
shape = 'o'
node_1.append(i)
node_color_r.append(color)
node_shape_1.append(shape)
elif int(column[i]) == 2:
color = 'g'
shape = 'o'
node_2.append(i)
node_color_g.append(color)
node_shape_2.append(shape)
else:
color = 'b'
shape = '*'
node_3.append(i)
node_color_b.append(color)
node_shape_3.append(shape)
node_color.append(color)
node_shape.append(shape)
# ==============================================================
with open('node-8.csv','rb') as csvfile:
reader = csv.DictReader(csvfile)
column1 = [row['b'] for row in reader]
id_tag1 = [row['id'] for row in reader]
#print column
id_tag11 = []
for item in id_tag1:
id_tag11.append(int(item))
edge = []
with open('edge-8.txt','r') as f:
data = f.readlines()
for line in data:
#print line
line = tuple(line.replace('\r','').replace('\n','').replace('\t','').split(','))
edge.append(line)
#print edge
# ===============Setting edge parameters=========================
edge_color = []
edge_style = []
for item in edge:
#print item
if int(column1[int(item[0])]) == 0 or int(column1[int(item[1])]) == 0:
pass
elif int(column1[int(item[0])]) == 1 or int(column1[int(item[1])]) == 1:
color = 'r'
#style0 = 'dashdot'
#color_r_list.append(color)
elif int(column1[int(item[0])]) == 2 or int(column1[int(item[1])]) == 2:
color = 'g'
#style0 = 'dashed'
#color_r_list.append(color)
else:
color = 'b'
#style0 = 'dotted'
#color_b_list.append(color)
edge_color.append(color)
#edge_style.append(style0)
G = nx.Graph()
#G.add_nodes_from(id_tag)
G.add_edges_from(edge)
#nx.draw(G,pos=nx.random_layout(G), nodelist = node_0, node_color = node_color_y, node_size=120, node_shape=node_shape_0)
#nx.draw(G,pos=nx.random_layout(G), nodelist = node_1, node_color = node_color_r, node_size=120, node_shape=node_shape_1)
#nx.draw(G,pos=nx.random_layout(G), nodelist = node_2, node_color = node_color_g, node_size=120, node_shape=node_shape_2)
#nx.draw(G,pos=nx.random_layout(G), nodelist = node_3, node_color = node_color_b, node_size=120, node_shape=node_shape_3)
nx.draw_networkx(G,pos=nx.random_layout(G),node_color=node_color,node_size=10,node_shape='o',edge_color=edge_color,width=0.3,style='solid',font_size=8)
#nx.draw_networkx(G,pos=nx.random_layout(G),nodelist = node_1,node_color=node_color,node_size=100,node_shape='o',style='dashdot')
#nx.draw_networkx(G,pos=nx.random_layout(G),node_color=color_g_list,node_size=150,node_shape='^',style='dashed')
#nx.draw_networkx(G,pos=nx.random_layout(G),node_color=color_b_list,node_size=150,node_shape='*',style='dotted')
#plt.legend()
#nx.draw_networkx(G)
plt.show()
画图
参考链接
http://blog.sciencenet.cn/blog-404069-337865.html
https://www.zhihu.com/question/59653147
https://segmentfault.com/a/1190000000527216
https://networkx.github.io/documentation/networkx-1.10/tutorial/tutorial.html#what-to-use-as-nodes-and-edges