RDKit | 小分子构象的生成和比对

 

基于RDKit的分子构象生成和比对

 

导入模块和包

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit import RDConfig
import os
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import Draw

载入数据

mols = [x for x in Chem.SDMolSupplier("ligands.sdf",removeHs=False) if x is not None]

获取分子列表的第6个分子

mols[5]

 

获取分子列表的第7个分子

mols[6]