RDKit | 基于RDKit的单分子多构象生成

          通过从单个分子生成多个结构来研究分子的各种可能构象。

 

导入库

导入必要的库。应当注意的是，适当的立体结构的产生，所以氢原子是很重要的存在，使用分子对象或从SMILES创建分子，可以使用Chem.AddHs添加氢原子。

from rdkit import rdBase, Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
import py3Dmol
import pandas as pd
print(rdBase.rdkitVersion) 

当从SDF读取分子时，设置removeHs = False选项以保留氢原子。

suppl = Chem.SDMolSupplier('platinum_dataset_2017_01.sdf', removeHs=False)
mols = [x for x in suppl if x is not None]
len(mols) # 4548
mol = mols[0]

顺应性的产生

AllChem.EmbedMultipleConfs（mol，numConfs，pruneRmsThres