RDKit | 基于RDKit处理化学信息学中的反应方程式

        将研究化合物之间的转化，即如何处理化学信息学中的化学反应。

        首先，您将学习如何扩展单个化合物的表示法，例如先前处理的MOL文件和SMILES表示法，以表达化学反应。接下来，让学习如何在RDKit中处理化学反应。

 

RXN文件

使用MOL文件格式表示化学反应的扩展名为RXN file的格式。由于基本结构单元相同，因此可以处理MOL文件和SDF的软件通常可以处理RXN文件。

例如，考虑以下乙酸和甲胺之间的酰胺化反应。

如果您尝试使用“另存为”保存用ChemBioDraw绘制的文件，则可以选择“反应Molfile（RXN）”，如下所示。

保存的RXN文件的内容如下。空白行很多，但组成是

• 标题部分从“ $ RXN”开始
• 由“ $ MOL