[samtools]depth命令简介

        samtools depth命令简介

        depth命令计算每一个位点或者区域的测序深度并在标准显示设备中显示。使用此命令之前必须先index。

        命令格式：

            samtools depth [options] [in1.bam|in1.sam|in1.cram[in2.bam|in2.sam|in2.cram]…]

        参数：

            -a 输出所有位点，包括零深度的位点；

            -a –a，--aa 完全输出所有位点，包括未使用到的参考序列；

            -b FILE 计算BED文件中指定位置或区域的深度；

            -f FiLE 使用在FILE中的指定bam文件；

            -I INT 忽略掉小于此INT值的reads；

            -q INT 只计算碱基质量值大于此值的reads；

            -Q INT 只计算比对质量值大于此值的reads；

            -r CHR:FROM –TO 只计算指定区域的reads；

        depth命令运行如下图所示：

        

        一共得到3列以指标分隔符分隔的数据，第一列为染色体名称，第二列为位点，第三列为覆盖深度。