「转录组」从环境配置之conda

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什么是conda
conda：开源包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。
系统：适用Linux，OS X和Windows。
For：为Python程序创建的，但可以打包和分发任何软件。
【生物信息学频道bioconda】

Anaconda是一个开源的Python发行版本，包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项。因为包含了大量的科学包，所以Anaconda的安装包比较大。如果为了省时间，也可以使用Miniconda这个较小的发行版。也就是说miniconda则是精简版，根据需要安装，节省空间，选择miniconda。

conda的安装与使用 https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d
【内有下载网址具体步骤，我就只记录我遇到的坑吧...(￣０￣)ノ】
先跟着视频做 https://www.bilibili.com/video/av58310105
清华镜像：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/
跟着视频操作，发现Anaconda 镜像使用帮助*和视频讲解不一样了。根据新的方法添加清华镜像。

在用户目录下想要vi .condarc发现创建了新的文件
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ #创建包含上述信息的文件，自动生成.condarc
vi .condarc
.condarc内容替换为

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

即可添加 Anaconda Python 免费仓库。Windows 用户无法直接创建名为 .condarc 的文件，可先执行 conda config --set show_channel_urls yes 生成该文件之后再修改。

运行 conda create -n myenv numpy 测试一下吧。

刚搜索了一下发现

.condarc以点开头，一般表示 conda 应用程序的配置文件
在用户的家目录（windows：C:\\users\\username\\，linux：/home/username/）
但对于.condarc配置文件，是一种可选的（optional）运行期配置文件，其默认情况下是不存在的
但当用户第一次运行 conda config命令时，将会在用户的家目录创建该文件

查看源：conda config --show-sources
就会生成 .condarc了

注意到channels下面没有任何链接，果然在 conda search sra后啥也没找到
于是再复制，右键，添加下面：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

清华源网页的改变让人走了弯路呢，不过也没办法，教程视频太糊，看不清原来的是啥
再看一下.condarc的变化，也可以正常conda search sra

$ cat ~/.condarc
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
(base)