智慧城市建设长期未获得公众足够关注，有专家将问题归结为信息孤岛与信息烟囱问题。新型智慧城市提出要“拆烟囱”、“连孤岛”，将跨部门信息共享与业务协调作为顶层设计的中心任务。
对顶层设计寄予厚望缘自“顶层”二字的宣传力。近年来，顶层设计开始强调“一号、一窗、一网”和“只跑一次”的新方向。
顶层设计的加法困境
长期困扰顶层设计的问题是落地难，智慧城市设计规模越来越大，大而全的顶层设计越发同构化且毫无特色，落地更加困难。
同时，智慧城市建设是长久而精细的知识积累工程。粗放思维太想一招制胜，然而知识积累工程并非一招制胜的领域，耐心与精细才是取胜的武器，智慧城市建设在很大程度上是清除细节魔鬼的工程，急于求成的浮躁心态是智慧城市建设的大忌。
大而全的智慧城市方案，也是近来顶层设计的一大趋势。但是向大而全发展的顶层设计，不仅难以落地更难以适应不确定性的未来环境。从以上境况看来，顶层设计脱离困境的唯一出路是减法思维，做少一点、做好一点，实现效益与可行性平衡，顶层设计要以筛选目标为主，评价政府工作不看上马多少项目而看能存活多少项目，全球智慧城市竞赛的优胜者不靠“上马率”而靠“积累率”。
建设能生存的服务链
智慧城市建设是需要多届政府连续奋斗的事业，每届政府只能完成一部分工作。其中的重要问题是，让政府启动的建设项目能够持续服务，形成让公众满意的长久效益。
政府在智慧城市建设中的成果是智能化服务，服务业务达不到预设的生命期就难有足够的效益。政府在建设项目中留下的成果很重要，其中最有价值的成果当属公众有获得感的服务。大量的获得感来自可持续服务链，每届政府智慧城市建设应当为公众留下几条能生存的服务链。
顶层设计的核心价值是能够为智慧城市建设选择恰当的目标，既然一届政府的建设成果只有为数不多的服务链，那么在城市发展战略指导下，为智慧城市建设规划可生存的服务链就是顶层设计的首要任务。
服务链设计要考虑效益与可行性的平衡，有限的资源要做更有价值的事情，服务效益来自服务链各环节的精细配合，将资金集中到重要服务链的配套上要比多建立新项目更有价值，服务链配套的精细化需要投入大量精力，顶层设计必须集中资源，重点投入所选定的可持续服务链的建设。
当然，一项服务能否长期生存取决于内外两方面的适应力，对外要能产生足够的效益换取外部资源的持续支持，对内要有激励改进机制，跟上外部环境的变化，防止系统失效，这是业务系统生命力的 DNA，服务链宁可少一点但必须做到底，要能提供完整的服务，不要留下半成品。
此外，有些顶层设计列出许多要开发的功能，但功能不等于效益，功能只是半成品无法独立生存，不能成为目标，只有能持续生成效益的服务链才是目标。手段必须要为目标服务，超出目标需要的手段就是包袱了，离开具体的服务链建设去追求抽象的共享理念，是顶层设计不能落地的常见原因。
提高反馈导向的效率
智慧城市项目的成功要依赖目标导向，通过不断测量工作进展与目标的差距进行及时调控，反复改进使之接近目标。控制论认为只有可测量的目标才是可实施的目标。“数据充分共享、内容全面协调”因无法测量而不能作为目标，顶层设计必须要保证建设目标的可测性，让公众可看见、可感受、可监督，这是智慧城市项目能够落地的关键。
智慧城市顶层设计不是 IT 层次上的设计，而是能够在预定生命周期实现持续服务的机制，这是一种生命系统的设计，智能服务系统的生命期漫长，系统生命期内的内外环境必然不断变化，系统要有自我调整自我改进的能力，才能跟上环境变化实现可持续服务的长远目标。
专家一直批评按“条条”管理系统推进的信息化系统缺乏综合协调能力，认为“条条”管理建立的信息烟囱不利于数据共享，但是该模式也有一定优势，其建设目标与“条条”管理体系能紧密配合，使得“条条”管理比“块块”管理有更高的目标实现效率。目前政府管理体系缺乏强有力的横向管理部门，使数据共享、部门协调等以横向要求为特点的顶层设计落实不力，此现象应当引起顶层设计者的格外注意，要重视智慧城市服务链与强有力的主管部门间紧密结合，因为结合越紧密项目进展越顺利。智慧城市顶层设计的架构是一个矩阵，该架构的实现可以通过应用链导向（纵向）与协调性导向（横向）来推进，应用链目标很明确且与行政管理体系结合紧密，而协调性目标模糊且无强有力的部门支持，因此应用链导向要比协调性导向的执行力大得多。
顶层设计必须通过应用链导向来实现落地，横向的协调性需要纵向应用链导向来带动。要以应用链导向为纲，只做有效的共享与协同，集中精力确保效益链生存，在纵向应用链自我升级进化的拉动下，新型智慧城市共享与协调的理念将得以贯彻。
以生命体的眼光
看待智能化业务
智慧城市是大量智能服务不断成长所涌现出的繁荣，这是不可操纵的。顶层设计无法设计出涌现层次上的繁荣，只能在确定性层次上设计有生命的智能服务系统。信息技术的普及为智能化系统的生长创造良好条件，顶层设计者应以生命体的眼光看待每项智能化业务，积极探索何种环境更有利智能服务系统的成长。足够的用户需求与资源回馈支撑着智能服务系统的生存。社会生产力的提升与信息技术的普及都是不可或缺的外部条件，优化社会营商环境与通信环境可降低智能系统的运行成本。
智能系统社会服务的建立是社会组织的优化过程，连接越方便智能服务的成本就越低，智能服务系统就越容易生长。智能系统生长同时也在改善外部生态环境，智能系统相互依存相互配套，共同降低服务成本，增加智能化应用机会，最终引发智能服务爆发性增长。
智能业务的磨合是软件系统与外部环境融合的过程，磨合包括软件、操作员、用户及各种外部环境的适应性调整，所以系统与环境的适应需要长时间的磨合，所需要的时间往往超过系统开发的时间。在实际应用中，一方面业务系统的效率提升有很大比例是在磨合中完成的，业务磨合是智慧积累的过程；另一方面，新技术应用的普及使环境不断发生变化，这是大量新技术应用涌现的结果，顶层设计者要预见这种涌现，所规划的服务系统要能适应涌现后的环境。
减法思维的智慧
经济学思维追求有限投资取得更大成效，智慧城市建设亦是如此。智慧城市建设要有成果，投资必须集中，项目必须少而精。智慧城市建设过程中，会有很多隐性成本难以估计，因此建项目少一些才有能力应对隐性成本，避免烂尾工程。
智慧城市涉及的范围广、时间长，不确定性大大增强，顶层设计必须针对不确定性环境设计，传统的信息工程学已力不从心，顶层设计需升级为不确定性环境下的新版本。新版本提高了设计目标层次，不再设计最终软件系统而是设计能自动追踪目标的生命机制，让系统能够自动修改自身，应对不确定性环境。
减法思维顶层设计是在加法思维层次之上的再思考，政府在智慧城市项目中，减去任何一项都要给出充分理由，要回应下马项目的质疑，要解释支持能力的局限，要说明留下的项目为什么更重要。减法思维的每一步都需要从全局出发反复筛选，项目筛选是投入智慧的过程，减法思维要比加法思维投入更多智慧。