Microbiome：根际微生物影响植物开花时间
根际微生物影响植物开花时间，文章的完成单位，浙江工业大学，中科院城市环境研究所。
文章的通讯作者是朱永官研究员
朱永官成功组建了中国科学院与澳大利亚首个联合实验室，并任首届主任（现任室主任为贺纪正研究员）。首次揭示了土壤—水稻体系中砷—磷—铁膜三者交互作用的机理，论文发表在著名国际刊物New Phytologist上，被国际专家称为水稻砷污染控制的新希望。在帝国理工学院的博士论文系统研究土壤—植物系统中钾—铯交互作用，成为该领域的国际权威之一。
2004年至2012年，应联合国国际原子能机构总干事巴拉迪博士邀请，朱永官作为该机构我国唯一的科学顾问，为提升中国在环境核污染治理和核技术应用领域的国际地位作出了重要贡献。
影响植物开花的因素有很多，包括气候因素如光照时长和温度，生长激素如赤霉素和吲哚乙酸，还有植物的自身因素包括植物年龄，它们都可以调节植物开花。
微生物影响植物的生长，但目前还没有关于微生物影响植物开花研究。
文章的科学问题：微生物能否影响植物开花，微生物影响植物开花的途径，
作者设计了实验，验证提出的问题
首先将草地土制成土壤悬液
加到无菌土中，种上无菌苗
等无菌苗生长一代后收集无菌苗根际土，制成土壤悬液
将悬液接种到新的一代无菌培养体系中
重复这个过程直到第三代时出现了开花时间的差异
作者围绕出现差异的这代的拟南芥的培养体系展开了研究
实验用到了野生型和突变体
突变体光合成途径受阻，但生长不受影响，它们产生不同的根系分泌物
前两代实验，有菌体系中开花时间与无菌体系中无显著差异
当实验进行到第三代时，有菌野生型比无菌野生型延迟三天开花
有菌突变体比无菌突变体提前4天开花
说明根际选择性富集的微生物可能影响植物开花时间
注：需要多代积累，是否是菌群互作引起表观遗传修饰的改变，引起了基因表达差异，导致开花时间改变
为了找出第三代产生开花差异的原因
测定了各代的根际微生物的多样性
发现各代野生型和突变体的多样性没有显著差异
说明植物繁殖变化可能不是由于根际微生物多样性引起
多样性没有差异
于是检测了门水平的相对丰度
野生型和突变体根际微生物各代的门水平的相对丰度基本一致
门水平的差异不大，继续对属水平进行考察
发现第三代中野生型根际微生物和突变体根际微生物有 77 个属的相对丰度差异显著
其中一些相对丰度小于1%的低丰度菌与氮固定有关
芽孢杆菌属在野生型根际土中富集的量是突变体根际土中的2.98倍，
这种菌具有固氮能力，这说明野生型可能获得更多可利用的氮源
突变体根际土中富集的两种反硝化菌 分别是野生型根际土中的 3 倍和 4.5 倍。
突变体富集的微生物可能将氮元素转化为不可利用的氮源
作者假设这些微生物与拟南芥的氮吸收有关。
虽然都是假设的功能，但看似很合理的解释。
为了验证假设，作者设计了实验验证第三代，也就是产生开花差异这一代的微生物功能
将第三代野生型和突变体的根际微生物，用的是根际土壤悬液，分别叫做WM和PM
接种到了野生型，pgr5和pnsb4中
观察它们的表型和DNA丰度
Pnsb4与pgr5类似，产生不同的根系分泌物，可能会导致富集不同的根际微生物
由于两种野生型和突变体本身基因型的差异，三种基因型各自的开花时间都不相同
作者在后续实验中没有在基因型之间进行比较，只对接种不同微生物的相同基因型的生长差异进行了比较
这张图是三种突变体加入两种微生物后的开花时间和鲜重的结果
加入了野生型根际微生物在野生型和两个突变体中比加入突变体根际微生物的拟南芥分别推迟开花3.3d 5.5d和5.7d
加入灭菌根际土壤悬液，生长差异消失，说明微生物影响拟南芥开花
加入野生型微生物的拟南芥鲜重显著高于加入突变体微生物的拟南芥
说明在到达开花时间时，加入野生型根际微生物的拟南芥可以获得更大的生长量
这张图是加入野生型根际土壤悬液和加入高温灭菌的野生型根际土壤悬液的拟南芥生长情况
加入灭菌和未灭菌的土壤悬液，对相同基因型拟南芥的生长情况影响不大，
说明根际土壤悬液中，一些热稳定的物质可能对拟南芥繁殖产生影响
或者说，突变体根际土壤悬液中可能缺少某些物质或微生物导致开花提前
野生型根际土壤悬液中可能含有某些物质或某些微生物导致正常或者推迟开花
为了验证可能存在的物质对开花时间的影响
检测了土壤pH, K和磷含量
不同的根际土壤悬液不改变土壤pH，K 和 P 的含量
土壤悬液对磷和钾都没有影响，但它们影响了土壤中的氮循环
作者分析了土壤中有关氮循环基因的丰度
加入野生型土壤悬液的拟南芥，土壤氮固定和氨氧化基因丰度高
加入突变体土壤悬液的体系亚硝酸还原基因，氧化亚氮还原基因丰度高。
从功能基因上定量，提供证据支持之前对菌功能的猜测。
作者又进一步研究了土壤中N相关物质的含量，以及脲酶和硝酸盐还原酶的基因丰度
加入野生型根系微生物的体系中土壤脲酶基因丰度高，红色大于蓝色，脲酶可以使尿素转化为铵离子
加入野生型根系微生物的体系中 铵离子含量确实高于加入突变体根系微生物的体系，证实野生型的根系微生物可使可利用氮含量增高
加入突变体根系微生物体系的硝酸盐还原基因丰度高，硝酸盐还原酶使硝酸盐还原为氮气，
加入了突变体根系微生物的体系中 硝酸盐含量确实低于加入了野生型根系微生物的体系，突变体的根系微生物使可利用氮含量降低
有研究证实低氮诱导开花，所以突变体根系微生物可能引起土壤缺氮导致提前开花
野生型与突变体光合作用途径不同，根系分泌物可能也存在差异，根系分泌物可以影响微生物。
为了验证根系分泌物不同所造成的开花差异，对野生型和突变体的根系分泌物，在无菌条件下进行了检测。
经过PCA分析，野生型和突变体根系分泌物的差异很大。
右图是不同分泌物相应代谢通路的差异，10个通路中的34个代谢物差异显著
继续对野生型和突变体分泌物的差异进行分析
发现野生型分泌的色氨酸 Trp，酚类和羧酸较多
色氨酸 Trp可以被节杆菌属 转化为 吲哚乙酸
吲哚乙酸 IAA 是重要的植物生长激素
野生型分泌 色氨酸量是 pgr5 的 2.02 倍；
野生型根际节杆菌属 相对丰度是 pgr5 的 2.67 倍
所以根系分泌的色氨酸 可能影响植物开花
于是作者检测了第三代拟南芥土壤中色氨酸和吲哚乙酸的含量
无菌条件下野生型分泌的色氨酸是突变体的2.02倍
在有菌条件下，野生型土壤中的色氨酸含量降低了
说明野生型微生物可以将培养体系中的色氨酸转化为吲哚乙酸
D图是野生型土壤根际微生物和突变体土壤根际微生物接种至 Wt 生长一代后土壤色氨酸和吲哚乙酸含量
野生型体土壤根际微生物的转化能力强于突变体土壤根际微生物
这些结果说明微生物可将根系分泌的色氨酸转化为吲哚乙酸，从而调控拟南芥生长
为了验证IAA对开花的调控
A图是在不同IAA浓度下的拟南芥的生长情况，
IAA含量越高，抽薹率越低
B图是添加5纳摩IAA后
植物开花相关基因的相对表达量
IAA 下调开花基因表达，
从转录水平证实IAA确实可以调控开花
作者利用微生物传代富集发现了野生型和突变体具有各自的开花特性
野生型延迟开花，突变体提前开花
从微生物和根际分泌物两个方向分析
发现根际分泌物中氮相关菌存在差异
通过检测土壤硝酸盐和铵盐的含量和土壤N相关代谢基因的表达
证实微生物通过影响可利用氮的含量调节开花时间
根据代谢组差异的分析结果野生型和突变体根际色氨酸分泌量不同
作者验证了野生型的根际微生物可以将土壤中的色氨酸转化为吲哚乙酸
最终证实吲哚乙酸直接调控植物开花
被吲哚乙酸促进生长的植物可能会分泌更多的根际分泌物，形成一种正反馈调节
总的来说，作者发现了两个调控开花的机制
微生物可以通过影响氮的有效性来影响植物的生长
植物可以通过分泌色氨酸来调节开花时间
值得学习和深入讨论的地方！有待进一步研究。
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