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#生物信息生物学生物信息学
胚系突变(GermlineMutation)和体细胞突变(SomaticMutation)在WES、WGS、GenePanel检测时常常遇到,二者最大的区别是胚系突变可以遗传给后代,而体细胞突变不能够遗传给后代。本文将从形成原因、遗传性、功能、发生时期、变异检测几个方面介绍二者的区别。上图,直观理解二者区别形成原因Germlinemutations主要是由于生殖细胞(germcells)突变导致,
- Sigma-Aldrich细胞培养实验方案:恰当的无菌技术和细胞无菌处理
橘子洲头
其他
产品列表70%(v/v)乙醇无菌水溶液(Sigma-Aldrich793213)次氯酸钠(Sigma-Aldrich425044)目标确保所有细胞培养程序都达到一个标准,防止细菌、真菌和支原体污染,以及与其他细胞系的交叉污染。设备个人防护装备(无菌手套、实验室外套、护目镜、鞋套、发套)适当防护水平的生物安全柜Sigma-Aldrich建议操作流程在开始工作前,用70%乙醇消毒安全柜。在开始工作前,
- matlab画信号图方法,献给初学者:手把手教你绘制信号通路图
信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路。细胞信号通路图是科研研究过程中最常见也是最常用到的,如何绘制适合我们自己科研课题的信号通路图呢?可以试试pathwaybuildertool软件。这款软件简单易学,即便是零基础的同学,也可以做出漂亮的信号通路。1.首先,打开PathwayBuilderTool2.0软件,软件自带分子生物学会用到的基本元素,如不同的细胞
- 深度学习 最简单的神经网络 线性回归网络
用最简单的线性模型讲清神经网络训练全流程,让你5分钟看懂AI是怎么学会预测的1真实神经元结构真实神经元包括:树突接收其他神经元传来的电信号(输入)。细胞核负责整合输入信号并产生动作电位。轴突传导动作电位到下一个神经元。突触释放神经递质,将信号传递给下一个神经元的树突。2线性回归神经网络原理(与神经元对比)假设输入是x_1,x_2,x_3x\_1,x\_2,x\_3x_1,x_2,x_3,权重是w_
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在使用Scanpy(一个用于单细胞RNA测序数据分析的Python库)时,保存图片(如可视化结果)是常见的操作。Scanpy的绘图功能主要基于Matplotlib和Seaborn,保存图片的方法也与这些库的保存机制一致。以下是Scanpy保存图片的详细方法及注意事项:1.基本保存图片的方法Scanpy的绘图函数(如sc.pl.umap、sc.pl.tsne、sc.pl.pca等)通常会返回Matp
- 量子传感探针:金刚石NV色心实现细胞级磁弹性成像(分辨率10nm)技术解析
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一、技术原理与核心突破金刚石氮-空位色心(NV色心)作为原子级量子传感器,其磁弹性成像能力源于电子自旋态与环境磁场的量子相干相互作用,结合纳米探针技术实现细胞级分辨率。核心技术原理包括:1.NV色心量子传感机制磁弹性耦合模型:NV色心的自旋哈密顿量可表示为:H=DSz2+γeB⋅S+λϵ⋅SH=DS_z^2+\gamma_e\mathbf{B}\cdot\mathbf{S}+\lambda\mat
- 支持向量机(SVM)在病理切片图像分类(癌细胞检测,Camelyon16/17、TCGA)中的应用与实现
猿享天开
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支持向量机(SVM)在病理切片图像分类(癌细胞检测,Camelyon16/17、TCGA)中的应用与实现病理切片图像分类是医学影像分析的重要领域,特别是在癌细胞检测中,SVM因其对高维数据和小样本场景的优异性能,成为一种经典且有效的分类方法。本文将深入探讨SVM在Camelyon16/17和TCGA数据集上的应用,全面覆盖概念与原理、应用场景、及挑战与应对策略,欢迎感兴趣的阅读。[文中示例代码仅供
- AI与脑科学:相互启发,探索智能的本质
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AI与脑科学:相互启发,探索智能的本质人类大脑的物理组件正被逐个映射为数字模型,而人工智能的“黑箱”中则自发涌现出类人的思维结构,两大前沿领域的碰撞正重塑我们对“智能”的理解。2025年初,东南大学黄广斌教授团队发表了一项开创性研究,提出通过“细胞级别的AI孪生方法”将人脑物理组件转换为数字模型,从理论上证明:不受限制的AI能以任意小误差逼近人脑功能,并在25年内超越人类智能。这项集结了哈佛医学院
- 表观遗传风暴:深圳AI-BioFab终极防御战全纪实
前言前些天发现了一个巨牛的人工智能免费学习网站,通俗易懂,风趣幽默,忍不住分享一下给大家。点击跳转到网站⚡《表观遗传风暴:深圳AI-BioFab终极防御战全纪实》副标题:抗癌疫苗灌装倒计时90秒惊现组蛋白叛乱,中国启动虫洞计算化解文明级生物危机2025年7月2日14:26光明科学城急电当第184支抗癌疫苗注入冷链罐的瞬间,B3层突爆刺眼蓝光!培养舱内数千细胞染色体疯狂解旋,量子钟在14:26:03
- 【领码思考】ESG画卷里的项目管理新篇:AI赋能下的绿色智造之路
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央国企理念篇AI应用人工智能ESG项目管理AI赋能绿色转型可持续发展
摘要ESG(环境、社会、治理)理念正悄然融入项目管理的每个细胞,成为驱动项目成功的新引擎。本文聚焦ESG如何与项目管理深度融合,立体呈现各阶段ESG应用场景,围绕AI与数字化工具的协同赋能,解析项目经理如何在绿色转型中实现角色跃迁。通过流程图与表格精炼框架,强化理论指导与实践操作,并结合当下热点新技术,旨在为项目团队和企业管理层提供清晰可落地的全周期ESG实施路径,开启项目管理可持续发展的智慧新纪
- 【杂谈】- AlphaGenome:解锁基因组奥秘的强大AI引擎
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AlphaGenome:解锁基因组奥秘的强大AI引擎文章目录AlphaGenome:解锁基因组奥秘的强大AI引擎1、解读遗传指令的挑战2、理解AlphaGenome3、突破背后的科学4、性能基准5、实际应用和研究影响6、当前的局限性和未来方向7、普及基因组AI8、展望未来9、总结人类DNA中蕴含着约30亿个遗传密码,构成了生命的神秘蓝图。然而,我们对于这本庞大“指令手册”中细胞运作方式的认知,却仅
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基于图神经网络的ALS候选药物预测模型设计与实现一、任务背景与意义肌萎缩侧索硬化症(ALS)是一种致命的神经退行性疾病,目前尚无有效治愈方法。传统药物发现流程耗时长、成本高,而人工智能技术为加速药物发现提供了新途径。本文设计并实现了一个基于图神经网络(GNN)的ALS候选药物预测模型,通过整合分子图结构信息和生物活性数据,实现对潜在治疗ALS化合物的高效筛选。二、系统架构设计
- A systems-biology model of the tumor necrosis factor (TNF) interactions with TNF receptor 1 and 2
但她还是走了
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Asystems-biologymodelofthetumornecrosisfactor(TNF)interactionswithTNFreceptor1and2摘要注意:聚集使肿瘤坏死因子受体能够刺激细胞内信号传导。模拟了可溶性配体诱导的肿瘤坏死因子受体1和肿瘤坏死因子受体2的聚集行为。方法:一个结构化的、基于规则的模型实现了配体无关的配体前结合装配域(PLAD)介导的未连接和连接的肿瘤坏死因
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在6.28号我发了一个博客《RNN(循环神经网络)与LSTM(长短期记忆网络)输出的详细对比分析》,但是我并未详细讲解LSTM,LSTM是循环神经网络中的一个模型,然而通过这篇博客给大家深度解析一下LSTM,重点关注其内部结构和参数。LSTM是为了解决标准RNN在处理长序列时出现的梯度消失/爆炸问题而设计的一种特殊循环神经网络结构。它的核心在于引入了门控机制和细胞状态,使得网络能够有选择地记住或忘
- DeepMind 发布 AlphaGenome,1 秒内完成所有模态和细胞类型的变异效应预测
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谷歌DeepMind的Alpha系列再添新成员——AlphaGenome,其能够更全面、准确地预测人类DNA序列中单个变异或突变,如何影响一系列调控基因的生物过程。AlphaGenome模型以长达100万个碱基对的DNA序列为输入,预测数千种与其调控活性相关的分子属性,同时还可以通过比较变异与未变异序列的预测结果,评估基因变异或突变的影响。该模型建立在DeepMind此前的基因组模型Enforme
- 稳转细胞株构建全攻略:从理论到实践的生物制药核心技术解析
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为何稳转细胞株成为生物制药领域的“兵家必争之地”?稳转细胞株被称为“药物研发的基石”,是单克隆抗体、双抗、疫苗、ADC等生物制品规模化生产的核心环节,还是药物生产成本、效率和质量的关键决定因素。一株高产稳定的细胞株有可能直接缩短药物上市周期3-5年。稳定细胞株因其稳定性高,适用于各种研究应用,包括重组蛋白、抗体生产、结构生物学和功能性研究等。那么,如何打造一株理想的稳转细胞株呢?义翘神州在重组表达
- 继 Evo 2 之后,Arc Institute 发布首个虚拟细胞模型 STATE,训练数据涉及 70 种不同细胞系
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众所周知,人体由不同类型的细胞组成——免疫细胞在感染发生时可引发炎症反应以抵御病原体;干细胞具有分化潜能,可生成多种组织类型;而癌细胞则通过逃避生长调控信号,实现异常增殖。尽管这些细胞在功能和形态上差异巨大,但它们几乎都拥有相同的基因组。细胞的独特性并非来自DNA序列本身的差异,而是源于它们如何调控和使用相同的基因信息。换言之,细胞的特性源于基因表达的差异,而一个细胞的基因表达模式不仅决定了它属于
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- 肿瘤靶向治疗中NCCN指南与临床试验入组标准的自动匹配系统(匹配精度98.7%)
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1.组学数据:生命系统的分子层面快照定义:组学数据是指利用高通量实验技术,对生物样本(细胞、组织、个体等)在特定状态下,某一类生物分子全集进行系统性、大规模定量测量所产生的数据集。核心特征:全局性(Global):目标是对该分子层面尽可能完整的覆盖(如全基因组、全转录组、全蛋白质组),而非单个分子。高通量(High-throughput):依赖先进平台(如二代/三代测序、高分辨率质谱、芯片技术),
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根据百度百科,生命游戏,简称为生命,是英国数学家约翰·何顿·康威在1970年发明的细胞自动机。给定一个包含m×n个格子的面板,每一个格子都可以看成是一个细胞。每个细胞都具有一个初始状态:1即为活细胞(live),或0即为死细胞(dead)。每个细胞与其八个相邻位置(水平,垂直,对角线)的细胞都遵循以下四条生存定律:如果活细胞周围八个位置的活细胞数少于两个,则该位置活细胞死亡;如果活细胞周围八个位置
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量子点材料在生物医学中的应用案例在上一节中,我们讨论了量子点材料的基本性质和合成方法。本节将重点介绍量子点材料在生物医学领域的应用案例,包括生物标记、成像、药物递送和光疗等方面。通过这些案例,我们将深入了解量子点材料在生物医学中的独特优势和潜在应用。1.量子点在生物标记中的应用1.1生物标记的基本原理生物标记是指使用特定的化学或物理方法对生物分子、细胞或组织进行标记,以便于观察和分析。量子点由于其
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- github中多个平台共存
jackyrong
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在个人电脑上,如何分别链接比如oschina,github等库呢,一般教程之列的,默认
ssh链接一个托管的而已,下面讲解如何放两个文件
1) 设置用户名和邮件地址
$ git config --global user.name "xx"
$ git config --global user.email "
[email protected]"
- ip地址与整数的相互转换(javascript)
alxw4616
JavaScript
//IP转成整型
function ip2int(ip){
var num = 0;
ip = ip.split(".");
num = Number(ip[0]) * 256 * 256 * 256 + Number(ip[1]) * 256 * 256 + Number(ip[2]) * 256 + Number(ip[3]);
n
- 读书笔记-jquey+数据库+css
chengxuyuancsdn
htmljqueryoracle
1、grouping ,group by rollup, GROUP BY GROUPING SETS区别
2、$("#totalTable tbody>tr td:nth-child(" + i + ")").css({"width":tdWidth, "margin":"0px", &q
- javaSE javaEE javaME == API下载
Array_06
java
oracle下载各种API文档:
http://www.oracle.com/technetwork/java/embedded/javame/embed-me/documentation/javame-embedded-apis-2181154.html
JavaSE文档:
http://docs.oracle.com/javase/8/docs/api/
JavaEE文档:
ht
- shiro入门学习
cugfy
javaWeb框架
声明本文只适合初学者,本人也是刚接触而已,经过一段时间的研究小有收获,特来分享下希望和大家互相交流学习。
首先配置我们的web.xml代码如下,固定格式,记死就成
<filter>
<filter-name>shiroFilter</filter-name>
&nbs
- Array添加删除方法
357029540
js
刚才做项目前台删除数组的固定下标值时,删除得不是很完整,所以在网上查了下,发现一个不错的方法,也提供给需要的同学。
//给数组添加删除
Array.prototype.del = function(n){
- navigation bar 更改颜色
张亚雄
IO
今天郁闷了一下午,就因为objective-c默认语言是英文,我写的中文全是一些乱七八糟的样子,到不是乱码,但是,前两个自字是粗体,后两个字正常体,这可郁闷死我了,问了问大牛,人家告诉我说更改一下字体就好啦,比如改成黑体,哇塞,茅塞顿开。
翻书看,发现,书上有介绍怎么更改表格中文字字体的,代码如下
 
- unicode转换成中文
adminjun
unicode编码转换
在Java程序中总会出现\u6b22\u8fce\u63d0\u4ea4\u5fae\u535a\u641c\u7d22\u4f7f\u7528\u53cd\u9988\uff0c\u8bf7\u76f4\u63a5这个的字符,这是unicode编码,使用时有时候不会自动转换成中文就需要自己转换了使用下面的方法转换一下即可。
/**
* unicode 转换成 中文
- 一站式 Java Web 框架 firefly
aijuans
Java Web
Firefly是一个高性能一站式Web框架。 涵盖了web开发的主要技术栈。 包含Template engine、IOC、MVC framework、HTTP Server、Common tools、Log、Json parser等模块。
firefly-2.0_07修复了模版压缩对javascript单行注释的影响,并新增了自定义错误页面功能。
更新日志:
增加自定义系统错误页面功能
- 设计模式——单例模式
ayaoxinchao
设计模式
定义
Java中单例模式定义:“一个类有且仅有一个实例,并且自行实例化向整个系统提供。”
分析
从定义中可以看出单例的要点有三个:一是某个类只能有一个实例;二是必须自行创建这个实例;三是必须自行向系统提供这个实例。
&nb
- Javascript 多浏览器兼容性问题及解决方案
BigBird2012
JavaScript
不论是网站应用还是学习js,大家很注重ie与firefox等浏览器的兼容性问题,毕竟这两中浏览器是占了绝大多数。
一、document.formName.item(”itemName”) 问题
问题说明:IE下,可以使用 document.formName.item(”itemName”) 或 document.formName.elements ["elementName&quo
- JUnit-4.11使用报java.lang.NoClassDefFoundError: org/hamcrest/SelfDescribing错误
bijian1013
junit4.11单元测试
下载了最新的JUnit版本,是4.11,结果尝试使用发现总是报java.lang.NoClassDefFoundError: org/hamcrest/SelfDescribing这样的错误,上网查了一下,一般的解决方案是,换一个低一点的版本就好了。还有人说,是缺少hamcrest的包。去官网看了一下,如下发现:
- [Zookeeper学习笔记之二]Zookeeper部署脚本
bit1129
zookeeper
Zookeeper伪分布式安装脚本(此脚本在一台机器上创建Zookeeper三个进程,即创建具有三个节点的Zookeeper集群。这个脚本和zookeeper的tar包放在同一个目录下,脚本中指定的名字是zookeeper的3.4.6版本,需要根据实际情况修改):
#!/bin/bash
#!!!Change the name!!!
#The zookeepe
- 【Spark八十】Spark RDD API二
bit1129
spark
coGroup
package spark.examples.rddapi
import org.apache.spark.{SparkConf, SparkContext}
import org.apache.spark.SparkContext._
object CoGroupTest_05 {
def main(args: Array[String]) {
v
- Linux中编译apache服务器modules文件夹缺少模块(.so)的问题
ronin47
modules
在modules目录中只有httpd.exp,那些so文件呢?
我尝试在fedora core 3中安装apache 2. 当我解压了apache 2.0.54后使用configure工具并且加入了 --enable-so 或者 --enable-modules=so (两个我都试过了)
去make并且make install了。我希望在/apache2/modules/目录里有各种模块,
- Java基础-克隆
BrokenDreams
java基础
Java中怎么拷贝一个对象呢?可以通过调用这个对象类型的构造器构造一个新对象,然后将要拷贝对象的属性设置到新对象里面。Java中也有另一种不通过构造器来拷贝对象的方式,这种方式称为
克隆。
Java提供了java.lang.
- 读《研磨设计模式》-代码笔记-适配器模式-Adapter
bylijinnan
java设计模式
声明: 本文只为方便我个人查阅和理解,详细的分析以及源代码请移步 原作者的博客http://chjavach.iteye.com/
package design.pattern;
/*
* 适配器模式解决的主要问题是,现有的方法接口与客户要求的方法接口不一致
* 可以这样想,我们要写这样一个类(Adapter):
* 1.这个类要符合客户的要求 ---> 那显然要
- HDR图像PS教程集锦&心得
cherishLC
PS
HDR是指高动态范围的图像,主要原理为提高图像的局部对比度。
软件有photomatix和nik hdr efex。
一、教程
叶明在知乎上的回答:
http://www.zhihu.com/question/27418267/answer/37317792
大意是修完后直方图最好是等值直方图,方法是HDR软件调一遍,再结合不透明度和蒙版细调。
二、心得
1、去除阴影部分的
- maven-3.3.3 mvn archetype 列表
crabdave
ArcheType
maven-3.3.3 mvn archetype 列表
可以参考最新的:http://repo1.maven.org/maven2/archetype-catalog.xml
[INFO] Scanning for projects...
[INFO]
- linux shell 中文件编码查看及转换方法
daizj
shell中文乱码vim文件编码
一、查看文件编码。
在打开文件的时候输入:set fileencoding
即可显示文件编码格式。
二、文件编码转换
1、在Vim中直接进行转换文件编码,比如将一个文件转换成utf-8格式
&
- MySQL--binlog日志恢复数据
dcj3sjt126com
binlog
恢复数据的重要命令如下 mysql> flush logs; 默认的日志是mysql-bin.000001,现在刷新了重新开启一个就多了一个mysql-bin.000002
- 数据库中数据表数据迁移方法
dcj3sjt126com
sql
刚开始想想好像挺麻烦的,后来找到一种方法了,就SQL中的 INSERT 语句,不过内容是现从另外的表中查出来的,其实就是 MySQL中INSERT INTO SELECT的使用
下面看看如何使用
语法:MySQL中INSERT INTO SELECT的使用
1. 语法介绍
有三张表a、b、c,现在需要从表b
- Java反转字符串
dyy_gusi
java反转字符串
前几天看见一篇文章,说使用Java能用几种方式反转一个字符串。首先要明白什么叫反转字符串,就是将一个字符串到过来啦,比如"倒过来念的是小狗"反转过来就是”狗小是的念来过倒“。接下来就把自己能想到的所有方式记录下来了。
1、第一个念头就是直接使用String类的反转方法,对不起,这样是不行的,因为Stri
- UI设计中我们为什么需要设计动效
gcq511120594
UIlinux
随着国际大品牌苹果和谷歌的引领,最近越来越多的国内公司开始关注动效设计了,越来越多的团队已经意识到动效在产品用户体验中的重要性了,更多的UI设计师们也开始投身动效设计领域。
但是说到底,我们到底为什么需要动效设计?或者说我们到底需要什么样的动效?做动效设计也有段时间了,于是尝试用一些案例,从产品本身出发来说说我所思考的动效设计。
一、加强体验舒适度
嗯,就是让用户更加爽更加爽的用
- JBOSS服务部署端口冲突问题
HogwartsRow
java应用服务器jbossserverEJB3
服务端口冲突问题的解决方法,一般修改如下三个文件中的部分端口就可以了。
1、jboss5/server/default/conf/bindingservice.beans/META-INF/bindings-jboss-beans.xml
2、./server/default/deploy/jbossweb.sar/server.xml
3、.
- 第三章 Redis/SSDB+Twemproxy安装与使用
jinnianshilongnian
ssdbreidstwemproxy
目前对于互联网公司不使用Redis的很少,Redis不仅仅可以作为key-value缓存,而且提供了丰富的数据结果如set、list、map等,可以实现很多复杂的功能;但是Redis本身主要用作内存缓存,不适合做持久化存储,因此目前有如SSDB、ARDB等,还有如京东的JIMDB,它们都支持Redis协议,可以支持Redis客户端直接访问;而这些持久化存储大多数使用了如LevelDB、RocksD
- ZooKeeper原理及使用
liyonghui160com
ZooKeeper是Hadoop Ecosystem中非常重要的组件,它的主要功能是为分布式系统提供一致性协调(Coordination)服务,与之对应的Google的类似服务叫Chubby。今天这篇文章分为三个部分来介绍ZooKeeper,第一部分介绍ZooKeeper的基本原理,第二部分介绍ZooKeeper
- 程序员解决问题的60个策略
pda158
框架工作单元测试
根本的指导方针
1. 首先写代码的时候最好不要有缺陷。最好的修复方法就是让 bug 胎死腹中。
良好的单元测试
强制数据库约束
使用输入验证框架
避免未实现的“else”条件
在应用到主程序之前知道如何在孤立的情况下使用
日志
2. print 语句。往往额外输出个一两行将有助于隔离问题。
3. 切换至详细的日志记录。详细的日
- Create the Google Play Account
sillycat
Google
Create the Google Play Account
Having a Google account, pay 25$, then you get your google developer account.
References:
http://developer.android.com/distribute/googleplay/start.html
https://p
- JSP三大指令
vikingwei
jsp
JSP三大指令
一个jsp页面中,可以有0~N个指令的定义!
1. page --> 最复杂:<%@page language="java" info="xxx"...%>
* pageEncoding和contentType:
> pageEncoding:它