DICOM：开源DICOM服务框架DCM4CHE 安装

背景：

dcm4chee是dcm4che开源项目中的一部分，是一款符合IHE规定的影像管理/归档应用。dcm4chee遵循DICOM、HL7标准，实现了图像存储、图像提取、及健康领域的工作流程管理。dcm4chee作为一款应用程序需要预打包，然后部署到JBoss应用服务器中。借助于JBoss应用服务器的服务特性，诸如JMS、EJB、Servlet引擎、远程控制、安全性、事务管理、持久性、消息传递、资源库、并发控制、命名和目录服务以及部署等等，dcm4chee提供了多种鲁棒性强且可扩展服务，主要包括：


此外，dcm4che项目的另一部分是一个实现了DICOM协议的工具包，以dcm4che-1.x或dcm4che-2.x命名，在SourceForge官方下载文件中已经出现了dcm4che3.x的版本。dcm4chee中需要借助于dcm4che-X.X来操作医学图像，使用DICOM服务，目前本教程中使用的dcm4chee-2.18.0版本依赖于dcm4che1.4版本。

DCM4CHEE使用（Install dcm4chee):

如预备知识中所描述，对于只希望使用开源项目服务的用户，可直接下载官方二进制安装包，参照官方安装说明操作即可，下文简单介绍一下安装说明目的是为了方便大家对dcm4chee所提供的服务有一个直观的认识，也为后续自己本机构建、部署和调试dcm4chee预热一下。

1）MySQL：版本要求在5.5+之后，下载链接http://dev.mysql.com/downloads/windows/installer/
2）JBoss应用服务软件，版本为JBoss 4.2.3 GA：如果使用JDK6，需要下载jboss-4.2.3.GA-jdk6。下载链接为：http://jbossas.jboss.org/downloads或
http://sourceforge.net/projects/jboss/files/JBoss/JBoss-4.2.3.GA/

安装准备：

dcm4chee基于Java语言开发，另外JBoss AS应用服务器也需要利用Java可执行环境（JRE）或开发工具包（JDK）编译JSP，因此在开始安装之前要先确保本地电脑已安装Java开发环境，目前dcm4chee支持JDK5或JDK6两个版本，这里我选择安装JDK6。安装完成后需要配置JAVA_HOME环境变量，使得Java被本地应用可访问。以Windows中的JAVA_HOME环境变量设置为例，
2.1）右键“计算机”，选择“属性”，弹出如下图所示：


2.2）单击上图“高级系统设置”，弹出“系统属性”，如下图：


2.3）单击上图“环境变量”，弹出设置窗口。


2.4）在“系统变量”区域中，单击“新建”按钮。注：系统变量可看做是全局变量。


例如，我本机Java SDK6的安装地址是:c:\Program Files\Java\jdk1.6.0_45。输入完毕后单击“确定”，JAVA_HOME环境变量设置完成。
PS：关于其他系统如何设置JAVA_HOME，请参阅官方说明。

安装步骤：

第一步，下载dcm4chee二进制安装包，本篇说明文档中选择是的2.18.0版本中的mysql数据库配置的安装包，即dcm4chee-2.18.0-mysql.zip。
第二步，下载JBoss 4.2.3 GA，解压到本地目录。例如我设置本地目录为C:\DCM4CHEE\ThirdLibrary\jboss-4.2.3.GA，之所以建立了DCM4CHEE\ThirdLibrary两级目录的目的是为了方便归档各个安装包，你可自行设置自己本机目录，最简单的就是C:\jboss-4.2.3.GA。

【备注】：JBoss AS（JBoss应用服务器）的优势在于无论使用安装程序，还是通过二进制版本安装，JBoss AS都不会在任何用户不知道的地方出现一些隐藏文件或设置——例如Windows系统中的注册表，Windows应用安装时大多需要操作注册表。JBoss AS和他的所有配置文件全部都放在解压后的单独的目录结构里。如果想卸载JBoss AS，只要删除顶层目录即可。如果需要把安装程序移动到其他地方，只需要复制整个目录过去。

第三步，dcm4chee是依托于JBoss AS应用服务器的一款应用，因此需要将JBoss中的运行时文件拷贝到dcm4chee指定目录下，为了确保拷贝顺利在dcm4chee安装包的bin目录下有一个自动脚本，Windows下运行install_jboss.bat，Unix下运行install_jboss.sh。我本机是Win7 64位旗舰版，Win+R开启cmd命令行后，输入如下指令：
cd c:\dcm4chee-2.18.0-mysql\bin
install_jboss.bat %JBOSS_HOME%
(%JBOSS_HOME%，在命令提示行的含义就是读取类似刚才设置的系统环境变量，当然这里我们也可直接输入路径C:\DCM4CHEE\ThirdLibrary\jboss-4.2.3.GA）
运行完成后，会弹出众多文件拷贝的提示信息，如下图所示：

该步骤就相当于我们手动拷贝JBoss运行时文件到dcm4chee对应目录下，至于具体的拷贝对应路径有兴趣的可以查阅install_jboss.bat批处理文档。

【注】：有些情况下，运行install_jboss.bat会出现“无法确定目标路径”的错误提示，该部分原因是由于dcm4chee安装包目录下相关文件夹缺失或被移动所致（这种情况在后续自己构建dcm4chee中会经常发生），解决方案就是修改install_jboss.bat批处理文档，找到关于路径设置的相关行添加目录查找判定，如果找不到目标文件夹，手动创建，以设置JBOSS_CONF和DCM4CHEE_CONF为例进行讲解。install_jboss.bat原本的代码是：
set JBOSS_CONF=%JBOSS_SERV%\conf
set DCM4CHEE_CONF=%DCM4CHEE_SERV%\conf
修改后如下：（由于JBoss是下载的完整安装包，所以关于JBoss的拷贝源路径不需要判断）
set JBOSS_CONF=%JBOSS_SERV%\conf
if exist “%DCM4CHEE_SERV%\conf” goto skip_md
md “%DCM4CHEE_SERV%\conf”
:skip_md
set DCM4CHEE_CONF=%DCM4CHEE_SERV%\conf
如是修改可以顺利完成拷贝工作。

第四步，创建PACS数据库（如果配置了审计系统Audit Record Repository，即ARR，需要同时创建arr数据库）。
本说明中的第一步下载了dcm4chee-2.18.0-mysql.zip安装包，是与mysql版本相匹配的，因此需要利用提前安装的MySQL软件进行创建数据库操作。具体的操作DCM4CHEE官方文档中说的很详细，这里在本机演示一下：
（1），进入dcm4chee-2.18.0-mysql\sql目录下
（2），开启mysql命令行工具，输入指令：mysql -uroot -pdcm4chee ，运行结果如下：

【备注】：root为MySQLWorkBench默认用户，dcm4chee是我设定的root用户密码。此外为了使得mysql工具行命令在任何目录下可以使用，同样需要安装上文提到的添加环境变量的方式将mysql.exe的路径添加到系统变量Path中，我本地MySQLWorkBench默认安装路径是：C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\bin\，将该内容添加到系统环境变量Path后即可。

（3），开始创建PACS数据库，在命令提示行中（经过第二步后此时命令提示行提示为：mysql>_）输入：create database pacsdb; 运行结果如下，


（4），创建dcm4chee所需的数据表，即pacs数据库中的各种table。不用担心dcm4chee-2.18.0-mysql.zip压缩包中已经给我们写好了创建各种表的SQL语句，我本机的路径为C:\dcm4chee-2.18.0-mysql\sql，其中create.mysql就是创建各种表的SQL指令集合，用Notepad++等文本编辑器打开即可看到SQL语句。


要想启动create.mysql语句，需要在命令提示行中输入：
mysql -upacs -ppacs pacsdb < create.mysql，运行结果如下，


由上图可以，我们已顺利完成pacs数据库创建工作。

【备注】：官方说明在调用create.mysql创建table之间，调用了grant来设置数据库权限，其整个运行如下图所示，

此外，除了查看create.mysql文件了解pacsdb整个数据库关系之外，在官网中也给出了详细的数据库设计关系表，具体可参考dcm4chee database schema。
第五步，测试安装的dcm4chee。
进入c:\dcm4chee-2.18.0-mysql\bin\目录下，输入run.bat（Windows平台输入run.bat、Unix平台输入run.sh）即可启动dcm4chee应用。由之前的介绍可知，dcm4chee是托管在JBoss应用服务器的医学图像归档和管理应用，因此run.bat启动脚本就是从jboss-4.2.3.GA中拷贝过来的JBoss应用服务启动脚本，输入后大致的启动状况如下：


最终出现Started in XXX.XXX.XXXs说明JBoss应用服务器顺利启动，且由于我们已经将dcm4chee部署到了JBoss应用服务器中，因此不出意外dcm4chee应用已经被开启。

【备注】：在启动JBoss应用服务器时，可能会出现部分模块安装部署失败的情况，这种大多是应用部署错误所致，例如我上图中红色标记的地方就有一处错误提示。有兴趣的话可以进入到C:\dcm4chee-2.18.0-mysql\server\default\deploy目录下排查一下原因。

此时在浏览器中输入http://localhost:8080/dcm4chee-web3/，会出现登陆界面，默认用户名admin，密码admin，如下图所示：


单击“Sign in”登陆后，即可打开dcm4chee界面，如下所示：


至此，对于DCM4CHEE的使用（Install dcm4chee）的介绍已经完成了，想必通过上述介绍已经大致了解了dcm4chee这一应用的功能和依赖环境，总结一句话就是：dcm4chee是一个用Java编写的应用于医学图像归档和管理领域的JBoss托管应用。上述整个安装过程可以看做是安装部署应用到JBoss AS应用服务器。了解到此程度，为我们后续自己动手构建、部署、调试DCM4CHEE打下了坚实的基础。梳理一下思绪，准备再接再厉！！！

未完待续……



作者：[email protected]
时间：2015-03-22