我比较常用的结构
Application：这个group中放的是AppDelegate和一些系统常量及系统配置文件；
Base：一些基本父类，包括父ViewController和一些公用顶层自定义父类，其他模块的类一般都继承自这里的一些类；
Controller：系统控制层，放置ViewController，均继承于Group Base中的BaseViewController或BaseTableViewController；
View：系统中视图层，由于我比较喜欢通过代码实现界面，所以这里放的都是继承于UIView的视图，我将视图从ViewController中分离出来全部放在这里，这样能保持ViewController的精简；
Model：系统中的实体，通过类来描述系统中的一些角色和业务，同时包含对应这些角色和业务的处理逻辑；
Handler：系统业务逻辑层，负责处理系统复杂业务逻辑，上层调用者是ViewController；
Storage：简单数据存储，主要是一些键值对存储及系统外部文件的存取，包括对NSUserDefault和plist存取的封装；
Network：网络处理层(RTHttpClient)，封装了基于AFNetworking的网络处理层，通过block实现处理结果的回调，上层调用者是Handler层；
Database：数据层，封装基于FMDB的sqlite数据库存取和管理(RTDatabaseHelper)，对外提供基于Model层对象的调用接口，封装对数据的存储过程。
Utils：系统工具类(AppUtils)，主要放置一些系统常用工具类；
Categories：类别，对现有系统类和自定义类的扩展；
Resource：资源库，包括图片，plist文件等；
以上是对我的工程结构中各个group的介绍，通过以下登录模块的系统类图，可以比较直观的看到这种工程结构的全貌。
整体来看分为三大块，黄色区域的模型和业务逻辑层（M），蓝色区域的视图层（V），红色区域的视图控制器层（C），其中，黄色区域实现了对业务逻辑和数据处理的封装，对应他们的上层ViewController，可以实现非常简单的接口调用，将业务复杂性从ViewController中抽离出来，通过模块化的方式，保证ViewController的可读性和可维护性。
保持ViewController简单
往往大家都会抱怨iOS中ViewController写着写着就会越来越臃肿，那时因为随着业务的复杂，功能的增多，所有的逻辑都包含在ViewController中，还包括一些诸如UITableViewDatasource的代理方法，使得ViewController臃肿不堪，可维护性极低，耦合性也很高，为了使ViewController能更简单，便于维护和后续的开发，给ViewController瘦身就显得尤为必要，我的做法主要有三个方面。
1、View视图与ViewController分离
如果你用Storyboard或者xib这是当然的，我比较喜欢手写代码，所以不在ViewController里面嵌入过多的View层代码是保证ViewController简单的方法之一，那么，可以将View部分的代码单独封装到一个继承自UIView的子类当中，然后通过自定义Delegate实现View与ViewController的通信。
2、业务逻辑与ViewController分离
将网络请求处理和复杂的业务逻辑以及数据的存取工作单独放到Handler层，对ViewController只暴露简单的调用接口和通过block或delegate实现的回调，这样不仅能使我们的工程模块化，也能大大降低ViewController的复杂性，就不会出现既包括网络处理又包括数据处理的冗长的ViewController代码了。Handler通过block或delegate将处理完的结果回调给ViewController，ViewController再将结果与View视图层相关联处理，这样就真正起到了MVC的作用，整体原则就是，让ViewController只关系和负责处理与它相关的事。
在BaseHandler.h中可以定义一些简单的业务处理规则：
#import
/** * Handler处理完成后调用的Block
*/ typedef void (^CompleteBlock)();
/**
* Handler处理成功时调用的Block */
typedef void (^SuccessBlock)(id obj);
/** * Handler处理失败时调用的Block
*/ typedef void (^FailedBlock)(id obj);
@interface BaseHandler : NSObject
/**
* 获取请求URL *
* @param path * @return 拼装好的URL
*/ + (NSString *)requestUrlWithPath:(NSString *)path;
@end
在LoginHandler中就可以定义对LoginViewController暴露的调用接口，在LoginHandler中封装负责的网络处理和业务处理逻辑，对LoginViewcontroller来说，只需要调用这个方法并传入对应的UserEntity实体对象和处理成功和失败状态下的回调block就可以了。
#import "BaseHandler.h" #import "UserEntity.h"
@interface LoginHandler : BaseHandler
/**
* 用户登录业务逻辑处理 *
* @param user * @param success
* @param failed */
- (void)executeLoginTaskWithUser:(UserEntity *)user success:(SuccessBlock)success failed:(FailedBlock)failed;
@end
3、Datasource或Delegate与ViewController分离
在iOS开发中经常用到的UITableView包含了一系列的代理方法，这些方法往往也是使得ViewController变长变复杂的元凶之一，那么，将这些Datasource或Delegate分离出来也是行之有效的方法之一，例如，通过自定义Datasource类（实现UITableViewDatasource协议）来将跟UITableView相关的数据源处理代理方法都集中到一个特定的类当中，ViewController只需要设置这个自定义数据源类给UITableView，然后其他的就都可以交给自定义数据源类去处理了。
我参考了Lighter View Controllers上的介绍改进了一个BaseTableViewProtocol，基本上常用的一些场景是可以使用的，不过这个还得不断优化以适应更多的场景，具体的代码我放在Github上了，感兴趣的同学可以去看看，使用方法可以参考上面链接中的介绍，基本类似，我的改进主要是支持对多section的适用。
BaseTableViewProtocol.h
BaseTableViewProtocol.m
写在最后
以上是我在开发iOS项目中的一些总结和工程实践，其中肯定还是存在很多问题的，我也在不断寻求改进的方法，也欢迎各路高手给我提出意见和建议。关于这个工程结构的一个简单事例我放在我的Github上了，感兴趣的同学可以去看看RTLibrary-ios。