Gene Ontology 的GO注释的可视化

Gene Ontology 的GO注释的可视化@TOC

利用goatools和PyGraphviz可视化

最近因为项目的原因，需要对GO terms的注释进行可视化，在此之前已经使用visio自己画了可视化的图(天啊，工作量真的好大，画起来太麻烦啦！)。偶然间发现了一个goatools这个可视化的工具，发现自己之前写太多代码了，明明可以直接掉包的==!。

可视化的时候，必须要安装PyGraphviz。

安装PyGraphviz工具的准备以及过程

因为pyGraphviz的官网只能支持Python2.7的版本，所以只能使用conda重新安装一个虚拟环境了：

1. 安装Python2.7虚拟环境 ，conda create --name py2 python=2.7，因为只需要做可视化，只用导入必要的包就可以了，暂时不用安装其他的库；
2. 安装graphviz-2.38.msi ，安装完成之后，在系统环境变量中添加PATH=C:\Program Files (x86)\Graphviz2.38\bin，如果没有添加路径，goatools就无法画图 链接：https://pan.baidu.com/s/1SeQeiZfG-N7iKnoIT0YNRg
   提取码：u4wl
3. 安装pygraphviz-1.3.1-cp27-none-win_amd64.whl ，用pip下载容易出错，下载完成后直接 pip install pygraphviz-1.3.1-cp27-none-win_amd64.whl；
4. 安装完成后用一小段代码看是否安装成功；

import pygraphviz as pyg
g=pyg.AGraph()  #建立图  
g.add_node('A')  #建立点
g.add_edge('A','B')  #建立边
g.add_edge('A','C')  #建立边
g.layout(prog='dot')  #绘图类型
g.draw('pyg1.png')   #绘制

如果能显示出一张pyg1.png则说明安装成功

可视化多个GO term的列表

画出下面的这个列表的所有的GO terms的DAG图

['GO:0004176','GO:0042802','GO:0005117','GO:0009376','GO:0005515']

首先需要下载对应的go-basic.obo文件。
代码实现如下：

node_temp=['GO:0004176','GO:0042802','GO:0005117','GO:0009376','GO:0005515']
go=obo_parser.GODag('../data/go-basic.obo',optional_attrs='relationship')
recs=[]
for node in node_temp:
       rec=go.query_term(node)
       recs.append(rec)
# 设置draw_children=False,否则画出的图将非常庞大！
go.draw_lineage(recs,draw_children=False)

画出的图如下：

如果还需要对图片进一步的美化和编辑，可以利用cytoscape工具。

CentOS安装PyGraphviz

背景：非root用户，并且没有权限
看了很多的博客和Stackoverflow，关于CentOS安装PyGraphviz的经验真的是少之又少，对于非root用户，更没有了。。。。。。

这里列出两种，并且其中一种无效。

1. 方法一：

pip install graphviz
# 发现安装成功
pip install pygraphviz
# 失败！

原因如下：

看有的博客有说安装pip install graphviz libgraphviz-dev pkg-config等，发现真的没用。
于是选择方法二。

#方法二
#下载Graphviz的rpm文件
#查看graphviz
yum list 'graphviz*'
#安装
yum install 'graphviz*'(结果发现要在root权限下才可以)
#下载rpm文件
yumdownloader graphviz.x86_64
#移动到好找到的文件件，然后添加路径并解压
rpm2cpio graphviz-2.30.1-21.el7.x86_64.rpm |cpio -idvm
export PATH=/home/siqihuang/graphviz/usr/bin/
# 添加完路径后不能忘记source ./.bashrc
# 后面开始安装pygraphviz结果还是报错，而且导致ls、ssh等命令也不能使用，不知道为什么，要不退出环境然后再进来看一下吧。
# 进入Python2环境后
conda install pygraphviz 
#--竟然可以使用了。