knitr包 R语言

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代码段，就是独立段落的R代码，每段代码必须有唯一的标签
行内代码，嵌入文字的小代码
局部选项，在代码段上方的<<>>=标记里设置
全局选项，用opts_chunk$set()设置，它对所有文档格式都通用（包括Rnw以及后面要介绍的Rhtml、Rmd等）

opts_chunk$set(echo = FALSE, fig.height = 4)
选项让我们可以非常灵活地控制代码的输出，例如如果我们想隐藏R代码，只显示运行结果（你给老板交报告的时候当然不能连R代码也显示，除非老板也是代码控），那么我们可以用echo选项，设置echo=FALSE就可以隐藏R代码；如果我们想让输出图形的宽度为5英寸，则可以设置fig.width=5，等等。

在文本输出方面，knitr包支持以下功能：

• 代码高亮（highlight=TRUE），增强可读性，有无数的高亮主题可选，仅适用于LaTeX和HTML输出，MD文档在转为HTML文档之后可以用专门的JavaScript库去高亮代码
• 代码重排（tidy=TRUE），对那些不注意代码格式的人来说很有用，再乱的代码，到了这里也会变得相对整齐，本功能由formatR包支持
• 执行或不执行代码（eval=TRUE/FALSE），不执行的代码段将被跳过，原样输出源代码
• 显示/隐藏源代码（echo=TRUE/FALSE），甚至精确控制显示哪几段代码（echo取数值）
• 显示/隐藏普通文本输出或将文本输出以原样形式输出（results='markup', 'hide', 'asis'）
• 显示/隐藏警告文本（warning=TRUE/FALSE）、错误消息（error）和普通消息（message）
• 显示/隐藏整个代码段的输出（include=TRUE/FALSE），比如我们可能想运行代码，但不把结果写入输出中

表格

表格实际上也是纯文本构成的（你要是天天抱着Word用当然永远都不能明白这句话！），但R没有自带的表格生成函数，所以我们往往需要特殊处理。视输出格式不同，我们可以使用xtable或ascii包来把R对象（尤其是数据框）转化为相应格式的表格代码，此时需要我们使用原样输出，如：

library(xtable)
xtable(head(mtcars[, 1:5]))

	mpg	cyl	disp	hp	drat
Mazda RX4	21.00	6.00	160.00	110.00	3.90
Mazda RX4 Wag	21.00	6.00	160.00	110.00	3.90
Datsun 710	22.80	4.00	108.00	93.00	3.85
Hornet 4 Drive	21.40	6.00	258.00	110.00	3.08

网页应用在这个时代太重要了。我2012年夏天AT&T实验室实习时接触到一位科学家叫Carlos Scheidegger，他说了一句笑话让我深为同意：如果一件东西在网上不存在，那么它就不存在。更简单的翻译是：我网，故我在。网络媒介有太多传统纸质媒介不具备的特征，例如交互式的内容、视频音频、动画、内容可复制等。想象下面的场景：

这里介绍一些相关的资源和演示：

RPubs.com：你可以看到各式各样的基于R Markdown编译出来的网页报告
OpenCPU：它是一个基于R的网络开发平台，例如这里有一个knitr应用,点点鼠标就可以动态生成一篇报告了
CRUNCH：又一个基于R的计算与服务平台，也可以调用knitr生成报告（支持比OpenCPU更好）
RCloud：基于Rserve包和knitr的网络应用，提供了一个可以合作编写报告的平台
Vistat：基于GitHub/Jekyll的在线小刊物，主要演示统计图形以及相应的代码，背后的引擎仍然是knitr，用简单的Markdown就能生成一个漂亮有用的网站