RMSD和RMSF

RMSD，Root Mean Square Deviation；
RMSF，Root Mean Square Fluctuation。
一个是偏移，一个是涨落。
二者都是对位移的平方和再求平方根，最后求得均值。其实差别就在于，这个“均值”是哪个物理量按照什么的平均。
维基上可以查到RMSD的定义式：

RMSD

给定一个分子结构的两种状态，delta_i就是第i个原子的位置在这两种状态下的差值（偏移），对结构中 所有的粒子的偏移量求平方和再平均，开方，就是RMSD。

RMSF的定义如下：

RMSF

可以看到，RMSF计算的是 一个粒子在时间T内，其位置的偏移量之平方和随时间的平均后再开方。RMSF的计算可以写成积分的形式，时域上(0,T)区间的积分。

RMSF和粒子的B-factor是相关的。可以参考如下资料：
http://en.wikipedia.org/wiki/Debye%E2%80%93Waller_factor

如果用更简单的语言来表达的话，RMSD表示的是分子结构变化的程度，而RMSF值表示的是分子中各个原子运动的自由程度。