【一起学生信】 bwa -M 参数解读

bwa mem 比对时，会有一个 -M 参数，bwa官方给出的解释是 mark shorter split hits as secondary。

-M 参数用来处理同一个reads比对到参考基因组上不同位置的情况。

不加 -M

目前的比对，都不加 -M

如果不加入 -M 参数，这种情况bam中的 flag= 2048 ( supplementary alignment )

# 必须做好hg19的index
bwa mem  hg19.fa <(echo -e "@R1\nATTGCAAGACAGACTTCATCAAGATATGTAGTCATCAGACTATCTAAAGTCAACATGAAGGATGCCCCTTGGCCATCACCCAGTCCCTGCCCCATCTCTTGTAATCTC\n+\nIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII") 2> /dev/null 
# @SQ    SN:seq1    LN:1575
# @SQ    SN:seq2    LN:1584
# R1    0    seq2    361    60    62M46S    *    0    0    ATTGCAAGACAGACTTCATCAAGATATGTAGTCATCAGACTATCTAAAGTCAACATGAAGGATGCCCCTTGGCCATCACCCAGTCCCTGCCCCATCTCTTGTAATCTC    IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII    NM:i:0    AS:i:62    XS:i:0    SA:Z:seq1,1273,+,60S48M,60,0;
# R1    2048    seq1    1273    60    60H48M    *    0    0    GATGCCCCTTGGCCATCACCCAGTCCCTGCCCCATCTCTTGTAATCTC    IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII    NM:i:0    AS:i:48    XS:i:0    SA:Z:seq2,361,+,62M46S,60,0;

加入 -M

如果加入 -M 参数，这种情况bam中的 flag=256 ( not primary alignment )

举例：

# 必须做好hg19的index
bwa mem -M    hg19.fa <(echo -e "@R1\nATTGCAAGACAGACTTCATCAAGATATGTAGTCATCAGACTATCTAAAGTCAACATGAAGGATGCCCCTTGGCCATCACCCAGTCCCTGCCCCATCTCTTGTAATCTC\n+\nIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII") 2> /dev/null 
# @SQ    SN:seq1    LN:1575
# @SQ    SN:seq2    LN:1584
# R1    0    seq2    361    60    62M46S    *    0    0    ATTGCAAGACAGACTTCATCAAGATATGTAGTCATCAGACTATCTAAAGTCAACATGAAGGATGCCCCTTGGCCATCACCCAGTCCCTGCCCCATCTCTTGTAATCTC    IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII    NM:i:0    AS:i:62    XS:i:0    SA:Z:seq1,1273,+,60S48M,60,0;
# R1    256    seq1    1273    60    60H48M    *    0    0    GATGCCCCTTGGCCATCACCCAGTCCCTGCCCCATCTCTTGTAATCTC    IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII    NM:i:0    AS:i:48    XS:i:0    SA:Z:seq2,361,+,62M46S,60,0;

至于 supplementary alignment 和 not primary alignment
参考 https://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/80854579

参考 https://www.biostars.org/p/97323/