2019-11-23

一、安装MultiQC
依赖conda安装

conda install -c bioconda multiqc  

二、安装fastqc

wget [http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/](http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/) fastqc_v0.11.7.zip

显示安装成功

fastqc .PNG

三、fastqc质量检测
下载两个fastq文件并利用fastqc进行质量控制

fastqc test_7942raw_1.fq.gz 
fastqc test_7942raw_2.fq.gz

fastqc分析后得到两个html文件，可用浏览器打开查看

fastqc数据检测.PNG

html查看.PNG

四、利用multiqc比对fastqc分析出来的两个fastq文件

multiqc .

结果如图

muiltyq检测.PNG

处.PNG

五、将multiqc_report.html 下载到本地用浏览器查看
1、General Statistics


2、FastQC
（1）Sequence Quality Histograms

2.PNG

（2）Per Sequence Quality Scores

3.PNG

（3）Per Sequence GC Content

4.PNG

（4）Sequence Duplication Levels

5.PNG

（5）Adapter Content

6.PNG

六、遇到的问题
警告提示：

 YAMLLoadWarning: calling yaml.load() without Loader=... is deprecated, as the default 
 Loader is unsafe. Please read https://msg.pyyaml.org/load for full details.

产生原因：
yaml 5.1版本后弃用了yaml.load(file)这个用法，因为觉得很不安全，5.1版本之后就修改了需要指定Loader，通过默认加载​​器（FullLoader）禁止执行任意函数

解决办法：

yaml.load(f, Loader=yaml.FullLoader)