ggplot -beginning

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一、R之ggplot初体验 -- 柱状图

数据类型，表格数据名字new

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cultivars     TF_family     num_of_gene

IRAT109     MYB/MYB_related     8

IRAT109     WRKY     5

IRAT109     CO-like     3

IRAT109     DBB     3

IRAT109     ERF     3

IRAT109     bZIP     2

IRAT109     Dof     2

IRAT109     G2-like     2

IRAT109     HSF     2

IRAT109     bHLH     1

IRAT109     HD-ZIP     1

IRAT109     NAC     1

IRAT109     Trihelix     1

ZS97B     MYB/MYB_related     7

ZS97B     CO-like     6

ZS97B     HSF     4

ZS97B     ERF     4

ZS97B     WRKY     4

ZS97B     bHLH     3

ZS97B     DBB     2

ZS97B     NAC     1

ZS97B     Dof     1

ZS97B     G2-like     1

ZS97B     HD-ZIP     1

ZS97B     bZIP     1

ZS97B     Trihelix     1

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cmd:

.......................作图...........................

library(ggplot2)

library(gcookbook) ##为了使用数据

a<-read.table("new",header=T,sep="\t")

ggplot(a,aes(x=TF_family,y=num_of_gene,fill=cultivars))+geom_bar(position="dodge",stat="identity") #new数据集包含两个分类变量，cultivars和num_of_gene，分别将其映射到x和fill

★ 必须使用命令参数position="dodge"将两组条形在水平上分开，否则会输出堆积条形图

作出的图横坐标排序为数据集a在TF_family这个因素的因子水平排序，a$TF_family

..............改变因子水平顺序...................

library(reshape2)

b<-dcast(a,TF_family~cultivars) 取出后俩列数据，并以 TF_family为行名，cultivars为列名

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TF_family IRAT109 ZS97B

1  MYB/MYB_related       8     7

2          CO-like       3     6

3             WRKY       5     4

4              ERF       3     4

5              HSF       2     4

6              DBB       3     2

7             bHLH       1     3

8             bZIP       2     1

9              Dof       2     1

10         G2-like       2     1

11          HD-ZIP       1     1

12             NAC       1     1

13        Trihelix       1     1

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b$sum<-b$IRAT109+b$ZS97B ###增加一列因素，且为两品种对应TF家族的基因的和

b<-b[order(-b$sum),]    ##把b数据集的因子sum逆序排序 ****顺序排序b[order(-b$sum),]

a$TF_family<-factor(a$TF_family,levels=as.character(b$TF_family))  ###将数据集a的TF_family 因子水平按数据集b的TF_family因子水平排序  ★b$TF_family为因子水平，需转化字符

........................去背景.............................

p + theme_grey()   ##默认的灰色主题

p + theme_bw()     ##黑白主题

★ theme_set(theme_bw())  将theme_bw()设为默认主题

.......................隐藏横坐标标签......................

p + theme(axis.title.x=element_blank())

.......................修改图例...........................

p + theme(legend.position=" top")  ##指定的参数有top,left,right,bottom 顶部，左，右，底部

p + theme(legend.position=c(.85,.2)) + themme(legend.background = element_rect(fill = "white",colour = "black")) ###添加一个不透明的边界使其与图形分开

p + theme(legend.position=c(1,0),legend.justification=c(1,0))  ###legend.position设置图例坐标，(0,0)原点，左下角，(1,1)右上角 ；legend.justification用来指定图例框的那一部分被放到给定坐标处

p + scale_fill_discrete(limits("t1","t2","t3"))  ###修改图例顺序

p + guides(fill=guide_legend(reverse=TRUE))   ###反转图例的顺序

p + labs(fill = "condition")  ### 修改图例标题为condition

p + guides(fill=guide_legend(title = NULL))  ###移除图例标题

p + scale_fill_discrete(labels = c("a","b","c"))  ###修改图例标签为a,b,c

......................去网格线.............................

p + theme(panel.grid.major = element_blank(),pane1.grid.minor = element_blank())

p + theme(panel.grid.major = element_blank.x(),pane1.grid.minor.x = element_blank())  ###隐藏纵向的网格线 -- 与x轴交汇

p + theme(panel.grid.major = element_blank.y(),pane1.grid.minor.y = element_blank())

p + theme(panel.grid.major=element_line(colour=NA))

..................倾斜横坐标标签..........................

p+theme(axis.text.x  = element_text(angle=90, hjust=1)) ###element_text()是存储文字属性的函数，其内置属性如下：

@@@  family：字体

@@@  face：粗体、斜体等

@@@  size：字体大小

@@@  angle：倾斜角度

@@@  color：颜色

@@@  hjust和vjust  ###标签靠近或远离坐标轴，标签偏移正对刻度位置多少

2、修改字体

其实就算知道可以用theme_text()修改属性，要改起来也是麻烦的事情，因为不知道内置属性的关键字有哪些。比如改字体，直接用"family="宋体""是不会改不了字体的。要提前设置一下字体：

初始化 windowsFonts(myFont1=windowsFont("Times New Roman"),myFont2=windowsFont("华文行楷"))

然后才可以用family来修改字体  Family="myfont1"

3、修改字体粗细

Face可以设置的属性有以下几个：

plain：普通

italic：斜体

bold：粗体

bold.italic：粗体+斜体

4、修改尺寸大小

这个比较简单，用数字代表字体大小即可，普通的字体可以设置为size=8。

5、修改角度

这个也比较简单，用数字代表角度大小，比如上图的angle=45，表示字体逆时针倾斜45°。范围是0-360。

7、修改颜色

用color或者colour都可以修改颜色，颜色用关键字来表示，或者用十六进制的颜色代码来表示。当然最简单的是用关键字来表示颜色，简单明白清楚，但是您可能会发现很难找到ggplot2可以设置的颜色单词。还好经过一番google，找到下图，以后设置颜色不用担心了，有参考了：

8、修改位置

修改位置用下面的参数：

hjust：调整横向位置

vjust：调整纵向位置

vjust=1

上面都设置数字，一般调整0.5左右，可以是负值。

...................设置坐标刻度域值...................

p + scale_y_continuous(limits = c(0,10))  ###将y轴的值域设置为0-10，也可设置为变量因素的最大值 max(a$num_of_gene)

p + ylim(0,10)  ##等价于上一条

p + scale_y_continuous(limits = c(0,10),breaks = c (0,2,4,6,8,10)) ##breaks仅在scale_y_continuous()中管用，设置分度 breaks=seq(0,1,0.1))

p +  coord_fixed(ratio = 1/2)   ###按比例缩放x与y轴，

..................将Y轴的0刻度与x轴相交，不再延伸.....

scale_y_continuous(expand=c(0,0.01))  ##与上一条一起使用，不然对y轴的设置会重置

..................去外框线.............................

p + theme(panel.border = element_blank())  ###去掉外框线

p + theme(axis.line.y = element_line(colour = "black"),axis.line.x = element_line(colour = "black"))  ###加坐标

..................去坐标轴刻度.............................

p + theme(axis.ticks=element_blank(),axis.text.y=element_blank(),axis.text.x=element_blank())

....................柱子显示数值.............................

geom_text(aes(label = num),vjust=-1.5)   ##label=变量 显示需要显示的值，vjust 调整距离

................加标题，居中.........................................

 p + labs(title="1"  ) +theme(plot.title = element_text(hjust=0.5))