转自:https://blog.csdn.net/daemon_2017/article/details/80660372
Biopython 是Python的计算分子生物学和生物信息学工具包,它使得python在生物学数据处理中变得更加强大和高效,在Windows中安装biopython非常简单,下载之后,双击然后一路点下一步就可以了。
在Linux中安装有多种方法,以Ubuntu为例:
方法一:使用apt-get install方式安装
# sudo apt-get install python-biopython
只有一行命令,可是这种方法安装的不是最新版本,很多新的功能不能用,非常不爽,不建议使用这种方法安装。
方法二:使用easy_install安装
(1)安装python-dev,不然会出现Setup script exited with error: command ‘gcc’ failed with exit status 1错误
# sudo apt-get install python-dev
(2)安装easy_install工具
# sudo apt-get install python-setuptools
(3)安装biopython
# sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopytho // (DIST/和biopython之间有个空格)
(4) 安装Numpy
从http://numpy.scipy.org/下载numpy,现在的最新版本是numpy-1.6.1.tar.gz
# tar -xzvpf numpy-1.6.1.tar.gz
# cd numpy-1.6.1/
# python setup.py build
# sudo python setup.py install
还可以继续安装一些其它的dependencies,如flex,ReportLab等等,暂时不装,需要的时候再装也可以。
root@ubuntu:~# python
Python 2.7.12 (default, Jul 1 2016, 15:12:24)
[GCC 5.4.0 20160609] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>
root@ubuntu:~# python
Python 2.7.12 (default, Jul 1 2016, 15:12:24)
[GCC 5.4.0 20160609] on linux2
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import Bio
>>> print Bio.__version__
1.76
>>>
[3]+ 已停止 python
输入>>>import Bio >>>print Bio.__version__
显示biopython版本为1.76
安装成功!