vcftools安装碰到的坑

在群体遗传学相关的系数计算这一块，vcftools是个很好的工具，操作简单，可以从变异检测的vcf出发，直接计算Pi系数，TajimaD系数以及Fst系数，还是比较方便。

安装

• 在老版本不支持vcf4.2的情况下，可以选择安装新版vcftools。
• 下载地址为：https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/

以最新版本0.1.13版本为例，首先我们需要下载源码安装包：

$ wget https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/vcftools_0.1.13.tar.gz/download -o vcftools_0.1.13.tar.gz
$ tar zxvf vcftools_0.1.13.tar.gz
$ cd vcftools_0.1.13
$ make

这个安装包里面不包含configure文件，也就意味着不需要指定安装目录，软件会自动安装在当前目录，我们按上述代码解压之后直接make就好。

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报错信息

安装过程可能会碰到错误提示，如

vcf_file.cpp:(.text+0xe72): undefined reference to `gzbuffer'
collect2: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [vcftools] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/Public/Packages/vcftools_0.1.10/cpp'
/bin/sh: 2: cd: can't cd to perl
make: *** [install] Error 2

在出现这个错误的时候，我去geogle了一下（geogle到的网页是https://www.biostars.org/p/61236/），发现是zlib库版本不高，需要安装高版本的zlib，或者说你安装了高版本的zlib库，但是不在默认的库搜索路径，如/usr/local/lib、/usr/lib64目录下。

• 你可以对cpp/Makefile文件进行修改，指定LIB的库路径，-L 后接的是你高版本zlib的安装目录。
  # Included libraries (zlib) #LIB = -lz LIB = -lz -I /usr/include/ -L /home/Public/Packages/zlib-1.2.7/

在修改完这个代码后，再次make即可安装成功。
vcftools的参数含义可以看vcftools参考文献，或者见博客.

vcftools的使用

• 在计算Pi系数的时候，代码如下：

vcftools --vcf all.gatk.fliter.vcf --remove-filtered-geno-all --site-pi --out watermelon.pi

运行信息如下：

VCFtools - v0.1.13
(C) Adam Auton and Anthony Marcketta 2009

Parameters as interpreted:
	--vcf all.gatk.fliter.vcf
	--out watermelon.pi
	--site-pi
	--remove-filtered-geno-all

After filtering, kept 19 out of 19 Individuals
Outputting Per-Site Nucleotide Diversity Statistics...
After filtering, kept 8079873 out of a possible 8079873 Sites
Run Time = 195.00 seconds

• 在计算Fst系数时候，代码如下：

vcftools --vcf all.gatk.fliter.vcf --remove-filtered-geno-all --weir-fst-pop population_1.txt --weir-fst-pop population_2.txt --out watermelon.pi