学习小组Day3笔记-四海

linux系统如何安装软件

准备工作

检查有没有bzip2压缩软件——命令 bzip2——结果没有——安装bzip2——命令 yum install -y bzip2

• miniconda 简单来说就是软件管理= App store，日常生信使用小而精的miniconda即可
• anaconda = miniconda + 150 high quality packages
  miniconda = conda + python + base packages

下载miniconda

百度搜索miniconda，复制下载链接
https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
命令 wget 刚才复制的下载链接

• 注意 ----- 请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴
• 下载sh是一个脚本，相当与软件包可以重复安装

安装miniconda

• 命令 bash Miniconda3-latest-linux-x86_64.sh
• source ~/.bashrc 激活conda
• 添加国内镜像

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

开始使用conda

• 查看所有软件列表 conda list
• 搜索软件 conda search fastqc # 以fastqc 为例
  -安装软件 conda install fastqc -y # 加上-y是自动安装
• 卸载软件 conda remove fastqc -y

conda环境——一个神奇的技能——分身：

• 在不同的环境中处理不同的数据，用各自对应的软件，不同的环境中的软件互不干扰

• 查看当前的环境 conda info --envs

• 建立一个新的环境——名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

• 激活新的环境
  source activate rna-seq

• 卸载某个软件
  conda remove -n rna-seq fastqc -y

• 全部卸载，也就是卸载这个环境
  conda remove -n rna-seq --all

注意：最后卸载环境的时候，需要先退出当前环境，因为自己肯定不能把自己删除吧

思维导图

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