零代码构建系统发生树-冠状病毒系统发生树

MEGA6构建系统发生树

官网地址：

原官网页：https://www.megasoftware.net/

MEGA简介：

MEGA软件是一款遗传学分析软件，可以完成基本的序列比对，系统发生树构建和BLAST搜索，本文将简述其基本操作步骤，全程界面操作。

数据来源申明：

数据来源于ncbi中18种冠状病毒的基因序列，包括新型冠状病毒ncov-2019，SARS，中东呼吸症，蝙蝠的冠状病毒等等，以fasta格式保存。

操作：

1，先将18条序列整合在一个文件中，命名为test.fasta。

2，打开MEGA6，点击"Align"，选择“Edit/Build Alinment”
3,选择创建新的比对序列

4，本文用的是核苷酸序列所以直接选择"DNA":

5，进入页面后，点击左上角的“data”，点击“open”->“retrieve sequence”->打开test.fasta文件
6，全选所有序列（ctrl+a），点击“Alignment”->ClustW或者Mucsle都可以，ClustW稍微快一些，比对完了以后点击“data”->“export alignment”->"MEGA format"保存为test.mas文件

7，再度进入MEGA的开始界面，点击“Phylogeny”构建系统发生树，选择符合研究目的的选项进行构建，这里选择第二个“Evolution tree”,点击“compute”，即可完成构建

8，构建完成之后，可以通过上方的选项更改系统发生树的样式，或者修改标尺。
可以看到这次的新型冠状病毒其亲缘关系与SARS较近。