JBrowse使用说明：参考基因组准备

准备参考序列

注意:这一步必须在后续步骤之前运行。

通常，我们需要准备一个物种的基因组fasta文件，当然RNA和protein都是没有问题。通过prepare-refseqs.pl格式化生成的track，这为后续所有文件提供一个坐标，一直放大后参考序列的碱基也会显示出来。生成的track 会为后续所有文件提供一个坐标，一直放大后参考序列的碱基也会显示出来。

主要用到工具是prepare-refseqs.pl,他的用法很多，如下：

prepare-refseqs.pl --gff   [options]
# OR:
prepare-refseqs.pl --fasta  --fasta   [options]
# OR:
prepare-refseqs.pl --indexed_fasta   [options]
# OR:
prepare-refseqs.pl --twobit   [options]
# OR:
prepare-refseqs.pl --conf   [options]
# OR:
prepare-refseqs.pl --sizes   [options]

更多内容用prepare-refseqs.pl -h查看。

# 以下操作在jbrowse家目录，序列文件根据实际情况修改
bin/prepare-refseqs.pl --fasta ~/lyrata/Sequence/Alyrata_384_v1.fa

这就会在当前生成data文件夹，直接访问I地址所看到的序列就来源于该文件夹。

准备特征序列

特征序列一般以"gff|gbk|bed"格式存放，用于注明序列的信息。所需工具为flatfile-to-json.pl

bin/flatfile-to-json.pl --gff ~/lyrata/Annotation/Alyrata_384_v2.1.gene.gff3 --trackType CanvasFeatures --trackLabel lyrata

结果是在当前目录下生成data，data里包括序列track配置文件. 同样可以用--out参数输出到指定文件夹。

bin/flatfile-to-json.pl --gff ~/Athalina/TAIR10/TAIR10_GFF3_genes.gtf --tracklabel gene --out ./Athaliana/

快捷搜索

除了在JBrowse上通过具体位置定位外，我们还可以0JBrowse上通过基因名快速定位到目标区间，只需要在上两步的基础上运行下面程序即可。

bin/generate-names.pl

推荐阅读:

• http://jbrowse.org/docs/prepare-refseqs.pl.html
• http://jbrowse.org/docs/generate-names.pl.html