生信笔记：系统进化树的分类

这是一篇阅读笔记，原文刊载于Digital Atlas of Ancient Life网站。原文链接

建立系统进化树的意义

由于林奈氏分类法出现于进化的概念没有被广泛接受的年代，所以系统发育分析可以用来测试现有的生物分类系统，确定哪些分类与进化历史一致，哪些需要修改。

Monophyletic groups (clades)

一个 单系群 （monophyletic group) 包括所有的拥有一个共同祖先的物种。在系统发生树上，单系统组包括一个节点和该节点的所有后代，由节点和末端分类单元表示。 因此，一个单系群也可以看作是一个进化枝。

图中节点1和物种B、C组成一个单系群，节点2和物种A、B、C也可以组成一个单系群，所以单系群之间可以有包含关系，对一个单系群的确定却决于节点的选择。

Paraphyletic Groups

类似于单系群，并系群（Paraphyletic Groups） 也是一组包含了共同祖先的物种，不同的是并系群并不一定包含这个共同祖先的所有后代。

图中节点2和物种A、B组成的并系群可以看作是上一张图中深蓝色标注的单系群去掉物种C。

Polyphyletic Groups

多系群（Polyphyletic Groups） 指的是一组由不同祖先进化而来的物种

由于基因测序的出现，许多从前的并系群和多系群被拆散并重新定义为单系群，但在结构（解剖，形态和/或发育），生活史和/或生态环境分类中并系群和多系群的存在还是有其意义的。

最后安利一下Digital Atlas of Ancient Life 网站上关于系统学的内容，非常详实全面：Systematics - Digital Atlas of Ancient Life