// Functions to read a network stored in a GML file into a NETWORK struct
//
// Mark Newman 11 AUG 06
//
// To use this software, #include "readgml.h" at the head of your program
// and then call the following.
//
// Function calls:
// int read_network(NETWORK *network, FILE *stream)
// -- Reads a network from the FILE pointed to by "stream" into the
// structure "network". For the format of NETWORK structs see file
// "network.h". Returns 0 if read was successful.
// void free_network(NETWORK *network)
// -- Destroys a NETWORK struct again, freeing up the memory
// Inclusions
#include
#include
#include
#include "network.h"
// Constants
#define LINELENGTH 1000
// Types
typedef struct line {
char *str;
struct line *ptr;
} LINE;
// Globals
LINE *first;
LINE *current;
// Function to read one line from a specified stream. Return value is
// 1 if an EOF was encountered. Otherwise 0.
int read_line(FILE *stream, char line[LINELENGTH])// line在这里为一个字符数组
{
if (fgets(line,LINELENGTH,stream)==NULL) return 1; //每次都读一行
line[strlen(line)-1] = '\0'; // Erase the terminating NEWLINE
return 0;
}
// Function to read in the whole file into a linked-list buffer, so that we
// can do several passes on it, as required to read the GML format
// efficiently
int fill_buffer(FILE *stream)
{
int length;
char line[LINELENGTH];
LINE *previous; //之前的指针
if (read_line(stream,line)!=0) {
first = NULL; // Indicates empty buffer
return 1;
}
length = strlen(line) + 1;
first = malloc(sizeof(LINE));//first 为指向第一个节点的指针
first->str = malloc(length*sizeof(char));
strcpy(first->str,line); //用于完成将读到到line字符串赋值到 LINE的链表中。
previous = first;
while (read_line(stream,line)==0) { //将GML文件的每一行存在以FIRST存放的链表中，而LINE结构体为链表的节点。
length = strlen(line) + 1; //而LINE结构体中的，str字符指针，用来连接读到到字符串，这里的加1是为了存放\0空字符。
previous->ptr = malloc(sizeof(LINE));
previous = previous->ptr;
previous->str = malloc(length*sizeof(char));
strcpy(previous->str,line);
}
previous->ptr = NULL; // Indicates last line //将最后一个节点的ptr的指向为空，说明链表到了尾点
return 0;
}
// Function to free up the buffer again
void free_buffer()
{
LINE *thisptr;
LINE *nextptr;
thisptr = first;
while (thisptr!=NULL) {
nextptr = thisptr->ptr;
free(thisptr->str); //释放thisptr所指向的字符串
free(thisptr); //释放LINE节点
thisptr = nextptr; //将thisptr释放后，thisptr向前移
}
}
// Function to reset to the start of the buffer again // 让目前指针，指向开始的位置
void reset_buffer()
{
current = first;
}
// Function to get the next line in the buffer. Returns 0 if there was
// a line or 1 if we've reached the end of the buffer.
int next_line(char line[LINELENGTH])
{
if (current==NULL) return 1; //current指针，指向当前的LINE节点，然后LINE节点的str指针所指向的字符串赋值到line的字符数组中
strcpy(line,current->str);
current = current->ptr;
return 0;
}
// Function to establish whether the network read from a given stream is //判断这个网络是有向图还是无向图
// directed or not. Returns 1 for a directed network, and 0 otherwise. If
// the GML file contains no "directed" line then the graph is assumed to be
// undirected, which is the GML default behavior. //如果GML图中，不包含有向的直线，那么我们认为其为无向图。
int is_directed() //无向图同时也是GML默认的行为。
{
int result=0;
char *ptr;
char line[LINELENGTH];
reset_buffer(); //通常和net_line函数一起使用，因为它重置了current指针，可以再net_line中使用。
while (next_line(line)==0) {
ptr = strstr(line,"directed"); //strstr函数的作用，就是在line中查找derected这个字符串第一次出现的位置。
if (ptr==NULL) continue;
sscanf(ptr,"directed %i",&result);//以ptr所指向的字符串，作为sscanf语句的输入
break; //并将其得到的数字按照十进制存储在result变量中
}
return result; //只要是有向图，其directed后面一定会有数据的，这样result值不会为0，用以判断。
}
// Function to count the vertices in a GML file. Returns number of vertices.
//怎么来查找node节点呢？首先找到"node ["标志，然后在同一行里面没有"label"标志，则将node节点的数目加1
int count_vertices()
{
int result=0;
char *ptr;
char line[LINELENGTH];
reset_buffer(); //这样也是重置current指针，用来计算节点的数目
while (next_line(line)==0) { // next_line成功的时候返回的是0值。将LINE类型，名为current指针所指向节点的str返回所指向的那一行数据
ptr = strstr(line,"node ["); //其中strstr函数是很有用的，相当于用来匹配。
if (ptr!=NULL) {
ptr = strstr(line,"label");//这个不太理解，其实所看到的gml格式的文件，不像是用txt格式打开的样子。但是从格式上看好像不会出现那个样子
if (ptr==NULL) result++; //如果找不到相应的字符串，则将指针置空，但是也不能计算节点的数目
}
}
return result;
}
// Function to compare the IDs of two vertices
int cmpid(VERTEX *v1p, VERTEX *v2p)
{
if (v1p->id>v2p->id) return 1; //比较两个节点的id，大于的话返回1，小于的话返回-1.
if (v1p->idid) return -1;
return 0;
}
// Function to allocate space for a network structure stored in a GML file
// and determine the parameters (id, label) of each of the vertices.
void create_network(NETWORK *network)
{
int i;
int length;
char *ptr;
char *start,*stop;
char line[LINELENGTH];
char label[LINELENGTH];
// Determine whether the network is directed
network->directed = is_directed();
// Count the vertices
network->nvertices = count_vertices();
// Make space for the vertices
network->vertex = calloc(network->nvertices,sizeof(VERTEX));// 运用calloc函数一下分配多个节点的空间，将所有的节点穿成链表。
//并将首地址 赋值给network的vertex指针。相当于构建了一个数组
// Go through the file reading the details of each vertex one by one
reset_buffer(); //这个函数调用的好及时啊，重新设置current指针。使其与first相同，共同指向第一个LINE节点
for (i=0; invertices; i++) {
// Skip to next "node" entry
do {
next_line(line);
} while (strstr(line,"node")==NULL); //先读，然后判断。当寻到"node"时，说明这一行描述的为node节点。
// Read in the details of this vertex
do { //从上面可以看出，gml格式的话，
// Look for ID //查询ID
ptr = strstr(line,"id");
if (ptr!=NULL) sscanf(ptr,"id %i",&network->vertex[i].id);
// Look for label //查询label
ptr = (strstr(line,"label")); //这个循环写的好啊！充分体现了当node、id、label三者在不同的行的情况下如何处理。
if (ptr!=NULL) { //标记处！！！和最外层的括号相对应。
start = strchr(line,'"'); //在line中，strchr(s,c).在字符串s中，首次出现字符c的位置。
if (start==NULL) { //""的意思是出现"的地方，因为不能确定label是否是字符串，存在的话返回指向c的指针，不存在的话返回NULL
sscanf(ptr,"label %s",&label);
}
else {
stop = strchr(++start,'"');//这样的话相对于start=strstr(line,"label")来说，只是起始位置发生了变化，原先为line字符数组的起始位置
if (stop==NULL) length = strlen(line) - (start-line); //现在为label标签项下的字符串的第一个字符。
else length = stop - start; //在这里做了一个判断，看一看其标签是否为一字符串，同时具有" ".
strncpy(label,start,length);
label[length] = '\0';
network->vertex[i].label = malloc((length+1)*sizeof(char));//当label可以给length个元素赋值的时候，其元素的个数为length+1
strcpy(network->vertex[i].label,label);//区分，一个label是属于自定义的，而另一个则属于vertex
}
}//和标记处的if相对应。
// If we see a closing square bracket we are done
if (strstr(line,"]")!=NULL) break; //这样的话已经找到结束的标志，结束就好了，同时也可以看到]应该和node[ 并不在一行中。
} while (next_line(line)==0);//如果说ptr=NULL的话，那么就直接再读下一行
}
// Sort the vertices in increasing order of their IDs so we can find them
// quickly later //对节点进行排序，为后面的节点查找做准备。
qsort(network->vertex,network->nvertices,sizeof(VERTEX),(void*)cmpid);
}
// Function to find a vertex with a specified ID using binary search.//使用二分查找，来查找给予特定ID的节点。
// Returns the element in the vertex[] array holding the vertex in question,
// or -1 if no vertex was found. //找到的话返回这个节点，找不到的话就返回-1，二分查找的程序以后很可能会遇到。
int find_vertex(int id, NETWORK *network)
{
int top,bottom,split;
int idsplit;
top = network->nvertices;
if (top<1) return -1;
bottom = 0;
split = top/2; //节点的分割点，因为这个时候，链表已经按照节点的ID的大小已经排好序了，并且按照的是从小到大的顺序。
do {
idsplit = network->vertex[split].id;//split链表处所对应的ID为多少
if (id>idsplit) {
bottom = split + 1;
split = (top+bottom)/2;//在这个时候top的值为发生变化，只是重新寻找split的位置。
} else if (idbottom);
return -1;
}
// Function to determine the degrees of all the vertices by going through
// the edge data
void get_degrees(NETWORK *network)//这里计算点的度数并没有计算权值
{
int s,t; // 这里的st，表示的source节点，与target目标节点。
int vs,vt;
char *ptr;
char line[LINELENGTH];
reset_buffer(); //重置current指针。
while (next_line(line)==0) {
// Find the next edge entry
ptr = strstr(line,"edge");
if (ptr==NULL) continue; //直到遇到"edge"的字符串为止。
// Read the source and target of the edge
s = t = -1; //此时的请求，说明已经找到edge所在的行。
do {
ptr = strstr(line,"source");
if (ptr!=NULL) sscanf(ptr,"source %i",&s);
ptr = strstr(line,"target");
if (ptr!=NULL) sscanf(ptr,"target %i",&t);
// If we see a closing square bracket we are done
if (strstr(line,"]")!=NULL) break;
} while (next_line(line)==0); //这个的表示方式，和之前将节点的ID和节点的label基本上就是相同的，并充分考虑了第一次并未遇到source的情况
// Increment the degrees of the appropriate vertex or vertices
if ((s>=0)&&(t>=0)) { //在网络中，找到相应的ID所对应的VERTEX节点。并改变vertex节点的度数。
vs = find_vertex(s,network);
network->vertex[vs].degree++;
if (network->directed==0) { //如果这个网络为无向图，则增加目标节点的度数。
vt = find_vertex(t,network);
network->vertex[vt].degree++;
}
}//对应前面的两个if语句
}//对应的是外层的while循环
return;
}
// Function to read in the edges
void read_edges(NETWORK *network)
{
int i;
int s,t; //对应gml文件中的source节点，和target节点
int vs,vt; //对应于NETWORK网络中的源节点与目标节点。
int *count;
double w;// 对应于权值，这里的类型设置的也不错
char *ptr;
char line[LINELENGTH];
// Malloc space for the edges and temporary space for the edge counts 边计数
// at each vertex
for (i=0; invertices; i++) {
network->vertex[i].edge = malloc(network->vertex[i].degree*sizeof(EDGE));//分配用于存储节点i所对应的边EDGE结构的题的空间的集合。
}
count = calloc(network->nvertices,sizeof(int));//分配n个int存储空间。并将分配的地址复制给count指针变量
//对应每一个节点所连接的边的数目，比如说count[12]=3;表示的是节点12有三条边相连。
// Read in the data //这个值应该和节点的度数一直啊
reset_buffer();//和前面的作用一样
while (next_line(line)==0) {
// Find the next edge entry
ptr = strstr(line,"edge");
if (ptr==NULL) continue;
// Read the source and target of the edge and the edge weight
s = t = -1;
w = 1.0;
do {
ptr = strstr(line,"source"); //这里很简单的将source、target、value的值分别存于s,t,w这三个变量中。
if (ptr!=NULL) sscanf(ptr,"source %i",&s);
ptr = strstr(line,"target");
if (ptr!=NULL) sscanf(ptr,"target %i",&t);
ptr = strstr(line,"value");
if (ptr!=NULL) sscanf(ptr,"value %lf",&w);
// If we see a closing square bracket we are done
if (strstr(line,"]")!=NULL) break;
} while (next_line(line)==0);
// Add these edges to the appropriate vertices
if ((s>=0)&&(t>=0)) { //在gml文件中，找到source节点与target节点，并找到两个节点之间多对应的权值。
vs = find_vertex(s,network);
vt = find_vertex(t,network);
network->vertex[vs].edge[count[vs]].target = vt;//刚开始式子有点长，看起来很复杂。在确定vetex之后，对target进行复制。
network->vertex[vs].edge[count[vs]].weight = w;//count[vs]并未有值啊？count[vs]为一个变量，起始值为0.edge[count[vs]]也只是一个EDGE的结构体
count[vs]++; //count[vs]的值在发生变化，最后记录的是某一个节点多对应的边的数目。
if (network->directed==0) { //并将这些权值赋予NETWORK中的
network->vertex[vt].edge[count[vt]].target = vs;
network->vertex[vt].edge[count[vt]].weight = w;
count[vt]++;
}
}
}
free(count);
return;
}
// Function to read a complete network
int read_network(NETWORK *network, FILE *stream)
{
fill_buffer(stream);
create_network(network);
get_degrees(network);
read_edges(network);
free_buffer();
return 0;
}
// Function to free the memory used by a network again
void free_network(NETWORK *network)
{
int i;
for (i=0; invertices; i++) { //在释放的时候，先释放边，在释放标签，最后释放节点。
free(network->vertex[i].edge);
free(network->vertex[i].label);
}
free(network->vertex);
}
