首先申明：对科学层次的探索，纯粹是学术上的分别，不关乎价值观的审视，西医很多时候更有价值，永远值得尊敬。
就像物理学处于医学的下层，并非物理学不值得尊敬。
中医在医学的更高层
西医来源于现代科学，立足于物质层面，刻意说清楚生命的某些机理，对诸多致病因素如何与生命整体交互，生命如何病态又恢复等问题，西医还说不清楚，也就无法相应地干预，属于相对基础的医学。中医在生命层面展开，能看到成住坏空，整合所有因素思考，协同生命治疗，因而处于更高层级。
为了说明这种看法不是井蛙之见，敝帚自珍，夜郎自大，我们需要理解科学的层次结构。
科学是层次的，最基础的是数学和逻辑学，它们是空洞的，是一些规则，不涉及具体存在，它们似乎是永远正确的；在此基础上，物理学和化学对世界进行解释，它们涉及实体存在，就需要小心，比如速度不会影响质量的结论不能无限外推，数学，至少是应用数学，就没有这方面的困惑；解剖学生理学病理学在物理化学之上展开，要研究生命机理，难度大多了；在此之上，还原论医学发展形成，需要懂得致病因素，要治疗疾病，工作更是复杂；整体观医学更上一层，着眼于生命存在，从时间维度展开，复杂性更不一样。
人们容易忘却科学的层次结构，把各门科学并列了考量，讨论科学的统一性和普遍法则，探索科学的统一性如何实现；思考科学之间的竞争；想象如何由一门科学替代另一门科学；争论各门科学的重要性；探索物理学的方法论和概念是否可以成为生物学的范例，比如声称“一切已知的物质过程和解释原则对生物有机体都是适用的”；要求在物理学中找到生物学概念的对应物；等等。这类观点诞生于过去，因而做不到多正确，更没有多深刻。
在宇宙的最初阶段，只有一种物质存在，或能量的表达只有一种，要描述这个时段的世界，数学一门科学就胜任；宇宙慢慢冷却，各种基本粒子形成，物理学就需要发展；化学在稍后一点才需要，原始宇宙的温度低到一定程度，化学活动才开始；后来，有机物形成，有机化学需要发展；生命产生后，解剖学、生物学、生理学就需要发展；人出现后，病理学、医学才有必要存在，先是分解论医学发挥重任，后来是整体观医学应对生命相关的问题。
也就是说，从最初的原始宇宙开始，世界在不断增加维度，每种存在都需要相应的科学应对，研究所在的维度和对象要对等。
上一层次的世界存在挖掘下一层次的某种可能性而发生发展，这个关系需要反应到科学上，上一层次的科学通过挖掘下层科学需要发挥的部分而存在，比如，物理学只需要一部分数学知识，而要研究物质和能量；化学就从物理学探索中选择涉及了电子迁移的原子相互作用而展开。
数学和逻辑学、物理学和化学、生理学、还原论医学、整体观医学，构建了生命科学的金字塔，依次推进，越是上层的学科，越涉及生命的更高层次，会迎来新的研究内容，会生成新的名词。比如，化学和物理学都可研究生命物质，化学要面对不同原子的组合而形成的新特性，就超越物理学，发展了全新的知识体系；化学和生理学都在研究生命体，但主动运输和遗传变异等等不能从化学中获得，因为两者的着眼点不相同。
整体观医学在更高层次，它围绕生命而展开，在整体地、变化地、外围地看待疾病，以时间为主导而非西医那样以空间为主导，用有机而整合的思路思考健康和愉悦，以人为出发点认识治疗……更有效于那些动态的、长期变化的、强相关于生命整体的疾病和健康诉求，因而会迎来大量新词汇新概念，也要求相应的科学方法。
西医是相对下层的医学
受所谓科学性的诱惑，理性的人们长存这样的冲动：尽可能地分解生命，触及坚实的物质基础，把生物学还原为物理学和化学；把心理学还原为神经生理学，然后还原为基础物理学，最终在数学和逻辑学那儿找到归宿，认为这样能做到生命研究的最正确。所以有了这样“高逼格”的一句话“生命的本质是化学，化学的本质是物理”。
这是不当的价值观，即片面追求科学性，跟随手段而去，忘却医学的根本目的。
西医把丰富的生命存在理解为物质层面的表现，这是降维；丰富多彩的身体表现，只看到少数，这是抽取；整体的生命，被理解为各不相干的存在，这是分解。通过诸如此类思路或方法，西医就证明自身的科学性，其实也是有限性。
越追求科学性，越丧失和生命的符合；越追求所谓的科学性，越成为科学体系的底层存在。所以西医只能治疗有形的疾病，那个状态下，相对可以用针对性的分子加以调整，并且相对支持标准化的策略。这种策略没法胜任于疾病前期，和某些密切相关于生命的疾病，那是生命的阶段。
越是底层的科学，越会简化世界，越无法企及世界的真相。逻辑学只关注推理的逻辑关系，无关乎真实的世界；数学只涉及数量上的考量，比如5个人和5只蚂蚁都体现为5；物理学也只涉及世界的基础，所以在物理学家看来，组成大脑的原子和组成泥土的原子并无本质区别。
西医会不断发展，揭示更多生命规律，但往往是关于分子和细胞的结论，总有一些生命现象和健康需求超越其范围，需要更高层面的医学补足。
面对人类最根本性的任务，没有一种方法完全有效，我们看似取得进展，其实是凸显了容易解决的部分（外感疾病就相对容易解决）；我们看似解决了问题，其实是把问题隐藏了（比如西药对生命的长期伤害）。当我们收起骄傲和自负，回过头来务实地总结，会发现进步没有那么大。
物理学化学是称职的，西医也是称职的。西医的问题，不在于这种模式的固有局限，在于人们不承认这种有限性，认为医学已经做到最好。
不应当指责西医，我们关于西医无法涉及环境、整体、个性等抱怨，完全是对这门科学太过于依赖的缘故，一旦认识到它只能解决某个层面的问题，更高层面的生命存在要求相应的科学模式应对，对西医的不满就转化为对今后发展的反思和动力。
有人持有不同意见，认为西医也具备整体观的诸多特征，因此是全面发展的医学。这方面要承认，西医本来就是杂拌的，主观上，人们在面对丰富多彩的生命，但客观上，处置方法已经把医学限制了，不支持西药和手术刀的各种存在都得不到支撑，无法充分发展。
就拿简单的外感疾病来说，关于结核杆菌如何引起机体病态反应，如何治疗，西医已经有相对成熟的方案，这是还原论研究的成就；基于流行病学，人们也能明白这种细菌和地域、季节、生活习性的关系，这算整体观成就。但病菌如何感染人体，其间发生了什么交互过程，哪些体质的人成功抵抗了病菌，相关研究就很欠缺。
谦卑地承认科学的不足
为了进一步说明上述观点，我们看看爱因斯坦的反思：“物理学家对于他的主题必须极其严格地加以限制：他必须满足于描述我们的经验领域里的最简单事件，企图以理论物理学家所要求的精密性和逻辑完备性来重现一切比较复杂的事件，这不是人类智力所能及的。高度的纯粹性、明晰性和确定性要以完整性为代价。”
他继续说：“作为理论物理学结构基础的普遍定律，应当对任何自然现象都有效。有了它们，就有可能借助于单纯的演绎得出一切自然过程(包括生命)的描述。因此，物理学家放弃他的世界体系的完整性，倒不是一个有什么基本原则性的问题。”
爱因斯坦认可物理学那严格而准确的研究方法，通过实验，搞懂世界的某些基础，是正确的进路。由于人类智力的有限性，物理学需要放弃一些东西，放弃更复杂的对象。这样，物理学就是更高级工作的基础。类似地，化学、生理学、西医，都可以是更高层面的科学的基础。
我们应当勇敢地承认人类智力的有限性，清楚认识科技的有限性，放弃一门科学可以“包治百病”的雄心（这是人类历史上长存的冲动），谦卑地认同西医的不足，进而发展整体观医学，以补充完善西医的不足，多元医学并存，为人类提供全面的解决方案。
西医凸显中医的必要性
最初的医学是宏观的，放血疗法、眼科手术、截肢等，人们肉眼即可观察处置；当时的药物处置，发汗、泻下、利尿等，虽说在微观地发挥作用，但人们没有这方面的意识，视之为宏观事件，和外科手术相对，正所谓“药治其内，针治其外”。
现代科学发展到一定阶段，对生命的微观认识就开启了，生理学病理学药理学因此发展，致力于理解细胞、细菌、病毒、生命分子等，认识到疾病的作用机理，并发明药物来改变生命状态，这类处置都在肉眼看不到的层次完成，药物分子仿佛亿万把小手术刀，因而是微观医学。
宏观处置也获得大发展，各种心外、脑外的手术都是这样，但总体来说，微观在逐步替代宏观，能服药治疗的，人们就不选择手术；各种介入治疗已经很成熟了；人们还在加快创新步伐，进一步把宏观操作替代成微观干预。
古时候的医学都基于人们对生命的认识，但那时候生命概念不需要凸显，因为没有比较对象。随着现代西医的发展，特别是微观操作的繁荣，生命才需要凸显，整体观医学才需要凸显，西医方法几乎不涉及生命，要求中医的在场。
就像有了丑，美才需要凸显。
整体观是思维模式，它需要有形的物质承载，整体观来源于物质，又高于物质。整体观并非虚妄，也不是标新立异，而是基于这么一个事实：生命绝非物质的简单加和，基于物质的研究并不能企及，它需要更高层次的理解。
宏观生命处置最直接，但被动，就事论事；微观生命处置相对能深入，发现某种病变就及时服药；这两类医学都工作于有形的疾病。整体观医学需要理解生命，不止应对病态，更要应对将病未病、似病非病的状态，还可从健康态开始。西医也能从最初开始，改变生殖细胞的基因以避免后来的危险，这是细节的操作，不涉及整体生命。
宏观医学和微观医学可以分开，宏观处置需要手术器械的支持，需要专业场所；微观医学可以在生活中展开，需要医生下达指令，还是医院的映射；整体观医学现在主要发生在医院，还可以走得更远，以每个人为核心展开，扩散到生产生活，扩散到整个生命周期。
越是无形的医学，越难于保证科学性，宏观医学相对容易验证；微观医学要难一些；整体观医学最难，需要更高级的验证方法。
中医的难度在临床环节
中西医的机理不同，其难度也各不相同。西医的难度集中于理解和改变生命物质，细分有机体，理解其分子结构如何体现了功能，理解微观变化和疾病的关系；在药物治疗方面，需要懂得化学分子和靶点的构象关系，需要搞清楚作用机理，以做到用药安全。诸多方面的工作都极为艰难，但集中于医学研究环节。
中医的难度在临床医学环节，涉及太多因素，理解喜怒哀乐，感悟细微的变化，感悟生命长河的某些本质，做到未病先防。由于诸多方面的高度复杂性，这门医学对人的要求很高。
有人形象地形容：分裂容易，整和难；拆容易，组装难；局部解决问题容易，整体考虑问题难。这些方面，西医并不需要涉及，西医只需把疾病表现和各种检查结果挂钩，把检查结果和治疗方案挂钩。西医临床实践虽然很难很复杂，本质是对知识的演绎应用，相比整体观医学，算是容易的。
这里论证的是整体观医学的难度，并不一定涉及中医的难度，中医有整体观的精髓，但它还处于本能阶段，要走的路还很长。有人辩称：“中医药博大精深，再有200年，西医药也赶不上、也理解不了中医药。”这观点是否正确？如果立论者认识到整体观医学的价值和难度，他就是对的，眼光独到；只是着眼于中医现状，就很难有什么意义。
西医的进步显著受制于工具，工具没有进步，进展就不易展开。工具的改进又是困难的，当下已经做到时代的最好，长足进展并不容易。整体观医学更要求人的进步，可激励人的智慧创造，超越工具所能达到的境地。
这个方向更难，对生命的感悟并不容易，中医产生那么多无效甚至迷信的判断，不止是中医落后，更因为这方面的路很难。人的自由思考需要根基于科学的平台，人的自由思考要求得到有效校验，但过去的生产力很难支持。所以，我们不能脱离时代，不假思索地赞颂整体观医学。
中医可利用下层知识
科学是层次的，暗示这样的观点：上层现象可以从下层那儿获得支持，只要它们涉及同一研究对象。中医可借鉴所有低层次的科学，比如西药，能把西药的特性归纳到中医概念，就可以遣用它们，就像西医可以利用物理学和生理学。
西医通过物质组成理解疾病，中医通过元气等概念实现类似目的，中医所见和西医研究揭示的分子和细胞的知识好像不相关，其实不然，正是分子和细胞活动导致宏观的生命现象，两者因为同一研究对象而发生关联。
生物学开始发展时，有人指责它使用了很多物理学方法，应当归类于物理学，人们辩解说：“空间乃数学概念，非物理学所能垄断……”这是当时的认识，现在我们可以理直气壮地主张，物理学是相对低层面的科学，应当被生命科学驾驭，不特空间概念可借用，物理学的一切成就都可被借用，只要生命科学需要。
科学探索过程非常艰难，知识的应用就不需要涉及那些探索过程的繁复，可自由地取用。在牛顿以前，人们被千变万化的作用力所迷惑，无法知道事情的真相，一旦万有引力被发现，世界就简洁多了；青霉素被发现以前，很多疾病都无法治疗，一旦弗莱明误打误撞地发现了它，医学的广阔天地就展开了。
以上诸多理由，都说明西医被中医驾驭的可能性。只不过，要借鉴下层知识，不要被过多牵扯而丢失了学科的目标和特色，忘却生命整体，丢失整体观医学的根本。
比如，由于科学层次的不同，知识的“清晰度”不一样，越是下层的学科，其知识越清晰，西医是相对下层的医学，依靠严格的科学准则而展开，结论相对明确无误，中医就无法这样要求。
区分层次的意义何在
以往我们从整体观和还原论的角度分析中西医学，有明显的二分氛围，把中西医摆到平等的地位，这似乎是合理的，因为整合观察和分解研究是人的两类实践，似乎可以对等。
随之而来的，是中西医的相互比较，结果的一边倒让很多人的思维被切换到西医模式；也就有了中西医的相互借鉴、结合，让中医局限于病态，满足于学习西医的方法论，丧失了自身的特殊能力；更让西医对中医进行理直气壮的批评指责，而我们，也被纳入对方的话语空间，缺乏有力的辩驳依据。
坚持中医是关于生命的，认清西医是基于物质的，就能建立层次关系，把以往的横向比较转换成纵向驾驭，更符合实际，更有利于中医发展。
坚持中医是生命的，就让我们的思考更深入，更有力量摆脱和西医的纠结，发挥自身的独特价值。