【R作图】在R中绘制韦恩图的几种方法 和 一些漂亮的venn图

• 使用limma包

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#安装limma包 #source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R") #biocLite("limma")   #载入limma包 library(limma) hsb2 《- read.table("http://www.ats.ucla.edu/stat/R/notes/hsb2.csv", sep=',', header=T) attach(hsb2) hw 《- (write《=60) hm 《- (math 《=60) hr 《- (read 《=60) c3 《- cbind(hw, hm, hr) a 《- vennCounts(c3) vennDiagram(a, include = "both", names = c("High Writing", "High Math", "High Reading"), cex = 1, counts.col = "red")

• 使用gplots包

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#安装gplots包 #install.packages("gplots")   #载入gplots包 library(gplots) oneName 《- function() paste(sample(LETTERS,5,replace=TRUE),collapse="") geneNames 《- replicate(1000, oneName()) GroupA 《- sample(geneNames, 400, replace=FALSE) GroupB 《- sample(geneNames, 750, replace=FALSE) GroupC 《- sample(geneNames, 250, replace=FALSE) GroupD 《- sample(geneNames, 300, replace=FALSE) input 《-list(GroupA,GroupB,GroupC,GroupD) venn(input)

 

• 使用venneuler包

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#安装venneuler包 #install.packages("venneuler") #如果遇到rJava安装失败的问题，Ubuntu用户尝试可以通过以下方式解决 #sudo apt-get install r-cran-rjava   #载入venneuler包 library(venneuler)   m 《- data.frame(elements=c("1","2","2","2","3"), sets=c("A","A","B","C","C")) v 《- venneuler(m) plot(v)   m <- as.matrix(data.frame(A=c(1.5, 0.2, 0.4, 0, 0), B=c(0 , 0.2, 0 , 1, 0), C=c(0 , 0 , 0.3, 0, 1))) # without weights v 《- venneuler(m > 0) plot(v) # with weights v 《- venneuler(m) plot(v)

• 使用VennDiagram包

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#安装VennDiagram包 #install.packages("VennDiagram")   #载入VennDiagram包 library(VennDiagram) venn.diagram(list(A=1:10,B=3:8,C=6:9), fill=c("red","green","blue"), alpha=c(0.5,0.5,0.5), cex=2, cat.fontface=4, fontfamily=3, filename="VennDiagram.tiff")

建议用后面三种方法，最多能画5 sets，limma方法最多只能画3 sets

 

draw.quad.venn  ( VennDiagram )

draw.quintuple.venn  ( VennDiagram )

但在2013年Nature的文章《Draft genome of the wheat A-genome progenitor Triticum urartu》中用的是这样的图，看起来不错，每个区域的大小偏差不会太大。

就是不知是怎画的。~~~

 

 

• 参考资料

Calculates Venn and Euler Diagram
How can I generate a Venn diagram in R?
R绘图基础（五）文氏图vennDiagram
如何制作发表质量的Venn（维恩）图
Non-R Venn Diagrams

• 还有一些有趣的Venn图

The Zen of Venn

Logic blooms with new 11-set Venn diagram

如何画漂亮的Venn图

七元维恩图

七元维恩图互动版

转载于:https://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2013/03/25/2980623.html