asc18超算relion安装运行2

1. 官网给出的安装步骤。

git clone https://github.com/3dem/relion.git

cd relion

mkdir build

cd build

cmake ..

cmake -DGUI=OFF ..

cmake -DFORCE_OWN_FFTW=ON ..

cmake -DFORCE_OWN_FLTK=ON ..

cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/relion/ ..

make -j

make install

安装完之后必须要配置环境，可以在/etc/.profile或者找到.barsh文件修改路径。

在服务器中安装时，GUI要设置为OFF，如果有gpu，在cmake..  后面加，52为你GPU计算性能，根据型号可以查到。

cmake -DCUDA_ARCH=52 ..

在笔记本中安装可能需要，服务器中就不需要了。

下面是在笔记本中图形界面，服务器中没有图形界面，如果要运行一个分类，2d或者3d，可以先配置好然后print commnd复制到服务器中运行。比如下面这个命令是CLass2D命令。

mpirun -n 8 `which relion_refine_mpi` --o Class2D/job002/run --i particles.star --dont_combine_weights_via_disc --pool 3 --ctf  --iter 25 --tau2_fudge 2 --particle_diameter 150 --K 100 --flatten_solvent  --zero_mask  --strict_highres_exp 8 --oversampling 1 --psi_step 12 --offset_range 5 --offset_step 2 --norm --scale  --j 1 --gpu "0:1:2:3:4:5:6:7"

1. ubuntu 远程登录　　

ssh  [email protected](你的服务器的IP地址)

2.上传文件至服务器

scp -r 要上传的文件 [email protected](服务器IP地址):/home/byer/回车输入密码即可

  我安装了很多次，出现了很多错误，比如有时当安装到fltk-1.3.3-source.tar.gz这个文件的时候会出现hash code错误，正确的应该是9ccdb0d19dc104b87179bd9fd10822e3，但是这里下载的是bd31c99dd483e77e3c1a981f10f06c0f，我必须将安装包直接放到指定文件夹下。起初我将relion安装在自己的电脑上，尝试去运行relion，但是运行的太慢并且内存不够，出现terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc'，我就将命令打印出来放到服务器上运行。在服务器运行命令过程中也遇到了很多麻烦，首先是这个错误：error while loading shared libraries: libfftw3.so.3: cannot open shared object file: No such file or directory，我将lib的路径放到path中问题就解决了，还有出现这个错误：WARNING: Exception (ERROR:No orientation was found as better than any other，我搜集了资料也查看了CCP-EM mailing list去寻找错误，我找到一些相同的问题，但是最后也无法将这个问题解决。

  这是我第一次参加这种类型的比赛，由于我们经验太少，我花了过多的时间在安装和运行程序上，到最后才开始优化代码，我选定了很多工具去测试热点函数，最后确定用NVIDIA的nvprof命令去优化cuda的性能。我们知道这将会出现这些信息，Time(%) 、Time、Calls、Avg、Min、Max 、Name等，还有这些编译选项：--metrics achieved_occupancy --metrics gld_throughput --metrics gld_efficiency等。这些能够帮助去找到最花费时间的函数，已经知道如何运用mpi去并行化程序，但是由于时间不够，并没有产生这些信息，以至于没有很好的优化代码。我相信如果有更多一点时间我会做得更好。