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临床小白GEO 数据快速处理

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临床小白GEO 数据快速处理

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工具：R+Sangerbox（https://shengxin.ren/article/222）

1.下载GSE并整理矩阵
行名为基因名
列名为样本名
如果行名是探针还需要根据测序平台进行探针ID转化
临床小白GEO 数据快速处理_第1张图片2.准备好后导入Sangerbox进行标准化
临床小白GEO 数据快速处理_第2张图片一般选则log2(x+1)
临床小白GEO 数据快速处理_第3张图片
3.将标准化前后的数据导入1-boxplot.R中进行绘图。
4.标准化后的数据导入2-limma.R或者3-edgeR.R中进行差异基因分析得到差异基因列表
或者:
直接利用Sangerbox中的Boxplot简易绘制工具画箱线图
临床小白GEO 数据快速处理_第4张图片https://shengxin.ren/article/352
然后利用差异分析工具进行差异基因的分析
临床小白GEO 数据快速处理_第5张图片
limma, edgeR, DESeq2都有。只试过limma的，跟代码跑出来一样。
临床小白GEO 数据快速处理_第6张图片
得到差异基因列表后续进行常规富集分析和个性化分析。

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