学习小组Day3笔记--真·元气少女

了解conda，下载miniconda，安装和配置miniconda，使用miniconda

准备工作

查找服务器是否有压缩软件/命令：bzip。如果没有的话进行安装：yum install -y bzip （-y代表下载后自动安装）

conda作用相当于App store，可参考公众号生信星球推送的生信小白第3天-Linux的App Store

下载miniconda

1. miniconda官网下载Linux 64-bit版本，安装python3.6对应版本，右键复制下载链接。请记住这里的粘贴不是ctrl+c和ctrl+V了，选中，鼠标左键点一下是复制，右键点一下是粘贴
   https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 链接地址，但是我在官网只看到python3.7和2.7，选3.7的64bit安装不成功，显示找不到。
2. 登陆服务器，进入biosoft目录（自动补全功能：打出cd b，按Tab键即可补齐biosoft全称）

sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh意思是用bash运行这个安装用的脚本，一路enter，看到please answer yes or no，输yes，敲回车，直到thank you for installing miniconda3!才是安装成功。##安装后还要激活##
source ~/.bashrc来激活conda，命令行输入conda，如果满屏信息说明成功，出现一行简短报错说明GG了，要删除miniconda目录，从bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh重新开始。

添加镜像

把下面的代码一行一行复制到命令行，粘贴、回车
新手安装不需要remove 所以加了井号。如果曾经添加过国内镜像，需要去掉下一行行首的#再运行第一行。

conda config --remove-key channels

conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用conda

1. 查看所有软件列表 conda list
2. 搜索软件 conda search fastqc
3. 安装软件conda install fastqc -y
4. 卸载软件conda remove fastqc -y

conda 环境

首先理解一个叫做“conda 环境”的东西。
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

1. 查看当前conda有哪些环境conda info ---envs
2. 处理转录组数据，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3. 创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs ，看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base
4. 激活conda环境。conda activate rna-seq ，这时默认的*就会转移到rna-seq前面；另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;输入fastqc，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了
   
   

   生信星球
5. 卸载一个环境中的软件
   卸载环境中的某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y 要卸载环境中的全部软件，也就是卸载整个环境卸载环境的时候，需要先退出当前环境再删除，使用 conda deactivate 卸载环境conda remove -n rna-seq --all

跟着教程来是操作很顺利，但是并不能完全理解掌握，虽然很简单，但是掌握记住还是挺费劲儿的，最近一直在加班，勉强看完每天的内容，周末就要到了，等周末睡个懒觉然后整体复习一遍吧，嘿嘿。