2018-04-17宏基因组实战qiime2-201802（三）去除引物和Barcode

这一步我也是走了很多弯路啊，之前没有去掉引物和barcode，所以跑程序经常断掉。

我还在论坛发了一个帖子询问
https://forum.qiime2.org/t/self-consistency-loop-terminated-before-convergence-an-error-was-encountered-while-running-dada2-in-r-return-code-1/3532/9

当时我的错误是

Self-consistency loop terminated before convergence.An error was encountered while running DADA2 in R (return code 1)

Exception: An error was encountered while running DADA2 in R (return code 1), please inspect stdout and stderr to learn more.

这里面涉及到还有其他很多问题，当然这只是其中一个，论坛上的人非常Nice 。
这里主要讨论如何去引物和Barcode。
说到barcode 建议看一下洲更的一篇专门介绍Barcode的文章，有什么index 和inline之分。

官方网站提供了说明文档，介绍如何去除barcode
https://docs.qiime2.org/2018.2/plugins/available/cutadapt/?highlight=cutadapter

分双端和单端测序的

我这里发现我的所有样品的引物都是一样的，我感觉我切了引物，那么barcode 也是切掉了。

那么我就来切引物
说明是这样的

太长了，屏幕无法截屏

自己看文档吧
https://docs.qiime2.org/2018.2/plugins/available/cutadapt/trim-paired/

主要要搞清楚 是在3'端还是5'端来选择参数

这是我的设置

      qiime cutadapt trim-paired 
              --i-demultiplexed-sequences paired-end-demux.qza 
              --p-cores 8 --p-front-f CCTACGGGNGGCWG 
              --p-front-r GACTACHVGGGTATCTAATCCY  
              --o-trimmed-sequences trimmed-seqs.qza  
              --verbose

如果对自己的数据很熟悉，那么做起来会快很多。
然后观察一下

我们可以来看一下summary

qiime demux summarize \
  --i-data paired-end-demux.qza \
  --o-visualization paired-end-demux.qzv

qiime demux summarize \
  --i-data trimmed-seqs.qza \
  --o-visualization trimmed-seqs.qzv

这一步是qiime2 生成可视化数据的一步

qiime tools view paired-end-demux.qzv

qiime tools view trimmed-seqs.qzv

切之前

切之后

前面确实被切掉了

这是一种切的方法，当然，在不合并前也可以切，或者在其他阶段切引物都可以。