宏基因组公众号2017年发展简史和十大热文盘点
回顾2017年，是宏基因组公众号从无到有的一年。从一人独行，到多人分享，更是我个人成长最大的一年，也同样是很多朋友事业再上新台阶的一年。感谢几十位贡献者，和1.2万关注者同我们一路一起走过，真诚邀请每位读者积极参与本领域知识和技术的分享，自己成长并造福同行。祝大家2018，一定要发papers!
宏基因公众号简史
- 2017年5月21日，注册“宏基因组”公众号，并于当日推送首条消息《宏基因组公众号创立——如何注册一个名字好记的公众号》。
图1. 首条消息推送记录。当天我找了3个关注者，分别是我自己、我爱人和我妈
- 2017年7月3日，推送首篇技术文章《扩增子分析流程1. QIIME虚拟机安装配置及挂载外部目录》。
图2. 时隔40多天才推送第二条消息，但已经有25个亲友闻讯支持我，虽然内容对他们大多无关。
注：此文创作是因为QIIME的虚拟机使用时会有大约1/3的电脑使用无法正常挂载外部硬盘(主要是权限问题)，有多位同行找我帮忙解决过。共性问题，非常有必要创作了一篇带gif动画的教程，希望一文将此类问题一网打尽，以后大家再遇此类问题，只需看此文即可自行解决，造福同行，节省大家宝贵时间。
从这天起，公众号每日推送，从末间断。
- 2017年7月18日《宏基因组公众号14天受邀原创-诚邀同行共享研究经验》。
图3. 那个时代想成为原创是很难的(现在申请就是)，很多人都説要原创连续坚持一个月，而当时我只坚持了14天就成功了，非常开心
后台基本统计数字
183天，推送了295篇图文；
半年阅读近100万次，12月前30天阅读19万次，6.5万人，单篇文章平均每人阅读3次——看了又看；
1.2万关注者中，北京以2000+位居榜首，这也说明了北京集中了太多的大学和科研院所；
有些文章，会有几百人的分享和收藏，这才是我们的共享便利大家工作的意义；
- 连续182天每日推送，几乎每天凌晨发布，也养成了大家看了再睡的习惯——凌晨是每天阅读最高峰。
2017十大热文盘点
Top 10. 16S预测微生物群落功能
阅读 2865 赞 16
本文介绍当今最广泛16S扩增子结果预测群落功能的4个软件数据库的简介、原理以及优缺点比较。目前1KO通路PICRUSt、2元素循环FAPROTAX 、3表型bugbase的详细实操教程已经发布，累计阅读近万次。4KO通路Tax4Fun的使用笔记也将于近日分享。
点评：对于只做了16S扩增子分析的文章，群落功能预测已经成为了文章标配(随便在线分析一下就多了很多结果，而且还是免费的)，即可以让故事完整，同时也是下一步实验的开始。
Top 9：宏基因组分析教程
阅读 4561 赞 30
一套本领域非常详细的英文讲解教程，有PPT+视频。内容涉及扩增子、宏基因组、宏转录组、常用软件等的原理和分析思路。快速入行必备。
点评：目前宏基因组领域公开的最好PPT版教材，本领域人才必修教材。
Top 8：扩增子图表解读-理解文章思路
阅读 3423 赞 26
本文是扩增子分析入门必读，分为图表解读、分析流程和统计绘图三部曲，三十多篇原创文章累计阅读过5万余次。
点评：扩增子分析实战精讲，有结果解读，更有测序数据和代码，不仅是国内唯一的详细中文教程，也是第一套全部开源的最详细教程。
Top 7：我们的未来在哪里？
阅读 3454 赞 41
严建兵教授，2015年获杰出青年基金，2016年入选长江学者奖励计划，华中农业大学植物科学技术学院院长，作物遗传改良国家重点实验室副主任。坚持博客写作11年，分享博文1435篇，此文创作于10年前，如果你读过此文，足以想到他会有今日的成绩。
点评：深度好文，从关于科研—如何从优秀到卓越；科研之外—目标不仅仅是学术；关于爱情，爱一个人还应该包括他（她）的缺点；我们的未来在哪里？共四个部分为青年科学家解惑，值得阅读。
Top 6：岛国科普—生命大跃进
阅读 6911 赞 15
《生命大跃进》，讲述了通过高通量测序(NGS)等一系列技术研究近四十亿年间的生命进化历程。日剧女神新垣结衣也有加盟，剧中一人分饰姐妹两角。特效堪比《权力的游戏》，轻松看片涨姿势。
点评：我见过的最好的进化科普材料，没有之一。从眼睛的诞生、母爱的诞生、到智慧的诞生，优秀的作品都有三部曲。
Top 5：微生物组入门必读+宏基因组实操课程
阅读 4992 赞 125
一名微生物组博后的学习历程，更是微生物组入门必修课程的系统总结。
点评：新人入此行必读，学习文中作者提到的精品课程，快速入行，少走弯路。
Top 4：你想要的生信知识全在这—生信宝典
阅读 5429 赞 28
生信宝典公众号历史文章汇总，过百篇生信基础干货，有系统Linux、Python、R、Cytoscape、Circos、AI等教程，值得收藏。
点评：合格的生信工程师，至少熟练使用Linux + Python + R三门语言，而它们在上文中都有。
Top 3：肠道菌群在人体中的作用
阅读 7815 赞 36
49分钟的纪录片，分三部分：肠道菌群与健康、肠道细菌与性格、肠道细菌从哪里来，汇总了本领域近30年的发展，图文并貌，浅显易懂。即适合专业人士全面了解本领域的研究热点，更适合大众科普。
点评：有英语国际版，更有日本综艺版，岛国的科普纪录片水平绝不亚于BBC，仍领先我国至少十年，值得学习。
Top 2：论文图表基本规范
阅读 7909 赞 46
很多己发表的论文图片丑的根本不能忍，学习论文图表规范，了解学术图片的基础知识，养成高标准论文图片排版的习惯。
点评：论文图表是论文中除摘要外最重要的内容，只通过图表和图注讲一个好故事是一门学问，同时让人看的赏心悦目更是一门艺术，学术人必修的技能。
Top 1：DNA提取也能发Nature？
阅读 10364 赞29
2017年的一篇Nature Biotechnology，评估了21种不同的DNA提取方法对肠道宏基因组测序结果的影响。
点评：重点不是DNA提取发了Nature，而是提DNA的不同方法和试剂盒间差异巨大，坑太深，不得不防。
致谢
本公众号的后台数据统计，包括谁是第一写手？谁是第一打赏金主？更详细的数据分析和Gordon大神的粉丝头像图云，己约稿生信媛创始人——天地本无心帮忙撰写，估计很快就可以和大家见面。
感谢以下公众号及个人对本平台的发展做出的贡献，如有遗漏请见谅(点击链接可直接访问友军公众号最新文章)。
- 中科院微生物所——周欣、陈亮
- 西北农林科技大学——郑伟
- 生信宝典——陈同
- 微生物生态
- 微微悦明
- EasyCharts——张杰
- FressSciences——张帆
- 生信媛——天地本无心、生物女博士、徐洲更
- 艾美达
- biobabble——Y叔
- 生信技能树——jimmy
- 菌情观察室
- 肠菌与健康
- Listenlii
- 生态学文献分享
- 微生态笔记
- 植物微生物组
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写在后面
宏基因组公众号经过半年发展，原创文章过百，关注人数12000+。为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外100+ PI，900+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
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