NLM Medical Text Indexer (MTI)

简介

NLM Medical Text Indexer (MTI)，医学文本索引，顾名思义，作用是输入一段医学文本，输出相应的关键字。官网链接https://ii.nlm.nih.gov/MTI/。

如何使用MTI

MTI提供三种使用方式：

1. MeSH on Demand
   链接 https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand，使用方式很简单，复制一段文本，关键词会高亮显示，截张图。
   
2. Batch-Mode (Requires UTS Account)
   需要账号，目前我还在申请阶段，进不去。
3. Download our Web API (Requires UTS Account)
   使用官方提供的API接口，这是很实用的一种方法。web api使用介绍

Web API 教程

• 下载SKR_Web_API_V2_3.jar

• 解压jar包，即工程文件

Windows: winzip, pkzip, or zip解压就行

Unix、Linux、Mac
$ java sun.tools.jar.Main xf SKR_Web_API_V2_3.jar

• 打开工程文件，examples目录下几个java文件，新建一个Test.java, 代码如下. 注意用户名、密码、邮箱、txt文件的绝对路径。

关键部分代码

Test.java

import gov.nih.nlm.nls.skr.GenericObject;

public class Test {
    public static void main(String[] args) {
        GenericObject myGenericObj = new GenericObject("你的用户名", "你的密码");

        myGenericObj.setField("Email_Address", "你的邮箱");
        myGenericObj.setFileField("UpLoad_File", "/Users/wanglei/Downloads/CXR1.txt"); # 注意是绝对路径，相对路径出错
        myGenericObj.setField("Batch_Command", "MTI -opt1L_DCMS -E");
        myGenericObj.setField("BatchNotes", "SKR Web API test");
        myGenericObj.setField("SilentEmail", true);

        try
        {
            String results = myGenericObj.handleSubmission();
            System.out.print(results);
        } catch (RuntimeException ex) {
            System.err.println("");
            System.err.print("An ERROR has occurred while processing your");
            System.err.println(" request, please review any");
            System.err.print("lines beginning with \"Error:\" above and the");
            System.err.println(" trace below for indications of");
            System.err.println("what may have gone wrong.");
            System.err.println("");
            System.err.println("Trace:");
            ex.printStackTrace();
        } // catch
    }
}

结果展示

医学文本CXR1.txt

Normal chest x-XXXX.The cardiac silhouette and mediastinum size are within normal limits. There is no pulmonary edema. There is no focal consolidation. There are no XXXX of a pleural effusion. There is no evidence of pneumothorax.

得到的results

结束语

如果需要批量处理医学文本得到相应的标签、关键字，需要使用官方提供API接口，自己写代码。
注意代码中txt文件填写绝对路径，我原本照着官网给的相对路径会报找不到文件的错。
附上我的项目链接：
https://github.com/wangleihitcs/MTI