R语言——欧式距离的快速计算方法

之前计算欧式距离的时候，直接使用了dist()方法。但是在实际应用中，这种方法在处理大量数据的时候会被截断，运行时间很长。
百度出来一个感觉很高大上的方法：
快速欧式距离计算【豆瓣】
里面提供了一种运算方法，代码如下：

mat <- matrix(runif(2000*1000),nrow=2000)
system.time({
  smat <- apply(mat, 1, crossprod)
  mat1 <- matrix(smat, nrow=2000, ncol=2000)
  mat3 <- tcrossprod(mat)
  mat4 <- mat1 + t(mat1) - 2*mat3
  diag(mat4) <- 0
  mat5 <- sqrt(mat4)
  })
system.time(mat7 <- as.matrix(dist(mat)))
#print(mat7[1:6, 1:6])

用这种方法，可以计算四百万条数据，用时22s左右
使用这种方法，开始调试自己的数据。
在调试中，需要注意的是mat4这个矩阵。首先是mat1和t(mat1)要可以进行加减运算；其次是这两者的和可以和mat3进行运算，否则这两种错误都会报错：non-conformable arrays
债见！