宏基因组云讲堂第2期由刘永鑫主持，特邀王金锋副研分享“Gut：用时序微生物组数据重现生物膜装配的动态过程”9月16日晚8点开讲！...

博彩众家之长，积微成就突破。为促进我国宏基因组研究领域的学术交流和技术分享，推动微生物组领域的发展，“宏基因组”公众号联合国内外优秀人才组织“易生信-宏基因组 积微学术论坛”，与同行在线交流文章经验、分享研究思路、共享实验和分析技术。第二期有幸邀请到中国科学院北京生命科学研究院的王金锋副研究员分享其经验。

• 演讲题目：

  用时序微生物组数据重现生物膜装配的动态过程

• 关键词：

  微生物组，时间梯度，纵向研究，菌群动态，口腔生物膜

• 演讲时间：

  2020年9月16日20:00-21:00

长按或扫描上方二维码(或点击阅读原文)，快来免费报名交流讨论吧！

或直接在腾讯课堂官网(https://ke.qq.com/)或腾讯课堂 APP (APP可语音交流)，搜索：易生信-宏基因组积微学术论坛

直接访问地址：https://ke.qq.com/course/2929121

论坛每一期都可以回放反复观看，也可以加群继续交流，利于再巩固学习或弥补错过直播的遗憾！

海报信息

王金锋博士个人简介

王金锋，博士，就职于中国科学院北京生命科学研究院。现任副研究员，中国科学院大学硕士生导师，中国生物工程学会微生物组学与技术专业委员会委员，“热心肠”智库专家。主要从事微生物互作与菌群塑造、菌群与宿主健康等微生物组学和生物信息学方向的研究。作为项目负责人主持国家自然科学基金3项，并承担了国家重点研发计划和中国科学院重点部署项目子课题、技术创新项目等。于Cell（2020）、Gut（2018、2020）、The ISME Journal（2019）、Nature Communications（2016）和Genome Biology（2015）等杂志发表第一、共一和通讯作者论文近20篇，五年来被引用超千次，多篇入选ESI高被引论文。担任《Critical Reviews in Microbiology》、《mSystems》和《Applied and Environmental Microbiology》等杂志审稿专家。

2016-至今，   中国科学院，北京生命科学研究院，副研究员，微生物组与生物信息

2011-2015，   中国科学院，北京生命科学研究院，助理研究员，微生物组

2007-2010，   中国科学院，海洋研究所，博士，海洋生物学

2004-2007，   南京师范大学，生命科学学院， 硕士，水产养殖

2000-2004，   沈阳师范大学，化学与生命科学学院， 学士，生物技术

演讲摘要

随着微生物组学技术的普及和推广，越来越多的研究者从仅关注单一时间点的剖面分析，逐渐开始涉及连续时间点的纵向研究。从样本量相对更大、层次更为纷繁复杂的时序数据中理清头绪寻找规律，并充分利用动态信息及选择恰当的方法，开展多元化和深层次的数据挖掘，成为微生物组学领域同行们当前的普遍需求。本次交流将以口腔生物膜菌群数据为例，通过追踪洗牙前后牙菌斑堆积来解析群落的重建过程，分享典型时序微生物组研究的分析思路及内容。向同行们介绍菌群的多样性、相似性、聚簇、共存网络等常规分析手段在时序微生物组计算中的应用。重点讲述如何依靠分组以及对同一批数据进行不同的分组比较和距离计算，来衡量菌群相似程度随时间梯度的变化，寻找群落结构高变或剧烈波动的时期。在连续时间点的纵向研究中引入贝叶斯、马尔科夫链和机器学习算法，并向用户推荐这些分析涉及到的计算工具及其使用方法。希望通过本次交流向同行们分享多时间点微生物组数据挖掘的经验，丰富分析内容和结果，帮助大家获得更多有价值的生物学或医学发现。

代表性论文

1. Jia N#, Wang JF#, Shi WQ#, Du LF#, Sun Y#, Zhan W, …, Zhao FQ & Cao WC. (2020). Large-scale comparative analyses of tick genomes elucidate their genetic diversity and vector capacity. Cell 182, 1-13, doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.07.023 (IF = 38.637，封面文章)

2. Wang JF#, Jia Z#, Zhang B#, Peng L & Zhao FQ*. (2020). Tracing the accumulation of in vivo human oral microbiota elucidates microbial community dynamics at the gateway to the GI tract. Gut 69(7), 1355-1356, doi: http://dx.doi.org/10.1136/gutjnl-2019-318977 (IF = 19.819)

3. Wang JF#, Zheng JY#, Shi WY#, Du N, Xu XM, Zhang YM, Ji PF, Zhang FY, Jia Z, Wang YP, Zheng Z, Zhang HP & Zhao FQ*. (2018). Dysbiosis of maternal and neonatal microbiota associated with gestational diabetes mellitus. Gut 67, 1614-1625, doi: http://dx.doi.org/10.1136/gutjnl-2018-315988 (IF = 19.819)

4. Gao Y#, Wang JF#, Zheng Y#, Zhang JY, Chen S & Zhao FQ*. (2016). Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing events in circular RNAs. Nature Communications 7, 12060, https://doi.org/10.1038/ncomms12060 (IF = 12.121)

5. Zhou HY#, Zhao H#, Zheng JY, Gao Y, Zhang YM, Zhao FQ, Wang JF*. (2015). CRISPRs provide broad and robust protection to oral microbial flora of gingival health against bacteriophage challenge. Protein & Cell 6(7), 541-545, doi: https://doi.org/10.1007/s13238-015-0182-0  (IF = 10.164)

往期回顾

宏基因组云讲堂第1期，袁军副教授分享纯生信发表ISME文章的思路

猜你喜欢

10000+：菌群分析 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature Cell专刊 肠道指挥大脑

系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组  宏基因组

专业技能：学术图表 高分文章 生信宝典 不可或缺的人

一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树

必备技能：提问 搜索  Endnote

文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical

扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图

16S功能预测   PICRUSt  FAPROTAX  Bugbase Tax4Fun

在线工具：16S预测培养基 生信绘图

科研经验：云笔记  云协作 公众号

编程模板: Shell  R Perl

生物科普:  肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进  细胞暗战 人体奥秘  

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。PI请明示身份，另有海内外微生物相关PI群供大佬合作交流。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读