Amber 中Lipid11 PDB文件的格式

      LIPID11中每个磷脂分子由3个残基组成。当在LEAP程序中加在磷脂的PDB文件时,LEAP程序就可以将分子的头部和尾部连接在一起。为了使LEAP能够正确的识别磷脂分子,

PDB中残基的定义方式应当按照下面的定义方法:

                                   PDB中的每一个磷脂分子的定义:

                                          

sn-1 tail residue
head group residue
sn-2 tail residue
TER    

在将PDB载入LEAP的时候,应当将PDB文件中的CONECT信息删除,因为这些信息是冗余的。


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