比对后的reads在基因组上的分布情况

拿到一些数据 通过与基因组比对后 想统计在基因组不用位置上所占的reads数，IGR     CDS        tRNA    rRNA    Unmapped 等着一些具体reads数分布，应该怎么去做 用哪些软件？

用bedtools
sam -> bed format
coverageBed -a reads.bed -b tRNA.bed

1.下载不同feature的bed格式的文件（如：UCSC Table）
2.使用bedtools的相关程序，a--bed用你比对完后的bed文件，b--用你下载的bed文件。