R语言作图——Slope chart(坡度图)

原创：黄小仙

今天小仙给大家分享一下Slope chart(坡度图)的画法，我在paper中看到的图是这样的

Figure from the paper.png

这个图的意思大概是Nasal Tissue比Brochial Tissue的ACE2表达量高(ACE2就是新冠病毒的受体啦) 。为了复刻这张图，小仙捏造了一组差不多的数据，竟然感觉比原图好看！

废话不多说，进入正题。

Step1. 绘图数据的准备

首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。
作图数据格式如下：

绘图数据格式

Step2. 绘图数据的读取

data<-read.csv(“your file path”, header = T, check.names=F)
#注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用header=F
#注释：R读取数据的时候，默认会把列名里的空格变成 "."，check.names=F就不会变了

Step3. 绘图所需package的安装、调用

library(ggplot2) 
library(reshape2)              
# 注释：package使用之前需要调用

Step4. 绘图

data_melt<-melt(data,id.vars = "Sample")
# 注释：将原始的宽数据变成长数据，方便画图
p<-ggplot(data_melt,aes(x=variable,y=value,group=Sample))+
   geom_line(color="gray", size=1)+
   geom_point(aes(fill=Sample),shape=21, size=3)+
   theme_bw()+labs(x="",y="Relative expression")
p

point的shape类型

直接画出来的图就是下面这样子的，线段和圆圈都是锯齿状的，对图片质量要求比较高、想让直线变平滑的朋友，可以参考我之前的分享《R语言作图技巧——导出高清图》。

如果把geom_point()语句跟geom_point()语句颠倒一下会发生什么呢？

p<-ggplot(data_melt,aes(x=variable,y=value,group=Sample))+ 
   geom_point(aes(fill=Sample),shape=21, size=3)+
   geom_line(color="gray", size=1)+
   theme_bw()+labs(x="",y="Relative expression")
p

语句颠倒，连线就会覆盖点的一部分，如果你想让哪个形状放在最上层，就把相应的画图语句放在后面就可以啦。

今天的分享就到这里。

（公众号：生信了）