python预测糖尿病_使用决策树与随机深林预测糖尿病（python）

(一)算法简介

决策树是一种树形结构，其中每一个内部节点表示在一个特征(属性)上的测试，每个分支代表一个测试输出，每个叶子节点代表一种类别。

(二)代码实例

使用决策树预测糖尿病

参考引用于：贪心学院

注意: 需要使用如下命令安装额外两个包用于画图

conda install python-graphviz

conda install pydotplus

导入数据包

import pandas as pd

import matplotlib.pyplot as plt

import seaborn as sns

from sklearn.metrics import roc_auc_score

from sklearn.metrics import classification_report

from sklearn.tree import DecisionTreeClassifier

from sklearn.model_selection import train_test_split

from sklearn import tree

from sklearn import metrics

特征项命名与导入数据

col_names = ['pregnant', 'glucose', 'bp', 'skin', 'insulin', 'bmi', 'pedigree', 'age', 'label']

pima = pd.read_csv("pima-indians-diabetes.csv", header=None, names=col_names)

pima.head()

分析数据768 条数据, 每一条数据包含 9 个特征

糖尿病发病率 35%

……

print(pima.shape)

# 特征数据类型.

pima.dtypes

label_rate = pima.label.value_counts() / len(pima)

label_rate

pima.describe()

# 分组的平均数据统计

label_Summary = pima.groupby('label')

label_Summary.mean()

相关性分析正相关的特征:

pregnant VS age: 0.544341

bmi VS skin: 0.392573

label VS glucose: 0.466581负相关的特征:

age VS skin: -0.113970

# 相关性矩阵

corr = pima.corr()

#corr = (corr)

sns.heatmap(corr,

xticklabels=corr.columns.values,

yticklabels=corr.columns.values)

corr

# 比较糖尿病患者与正常人之间的胰岛素量

emp_population = pima['insulin'][pima['label'] == 0].mean()

emp_diabetic_insulin = pima[pima['label']==1]['insulin'].mean()

print( '正常人胰岛素: ' + str(emp_population))

print( '糖尿病患者胰岛素: ' + str(emp_diabetic_insulin))

进行 T-Test

进行一个 t-test, 看糖尿病患者与正常人之间的胰岛素量是不是明显不同

import scipy.stats as stats

stats.ttest_1samp(a = pima[pima['label']==1]['insulin'], # 糖尿病患者的胰岛素样本

popmean = emp_population) #正常人的胰岛素均值

T-Test 显示pvalue (0) 很小, 所以他们之间是明显不同的

degree_freedom = len(pima[pima['label']==1])

LQ = stats.t.ppf(0.025,degree_freedom) # 95%致信区间的左边界

RQ = stats.t.ppf(0.975,degree_freedom) # 95%致信区间的右边界

print ('The t-分布 左边界: ' + str(LQ))

print ('The t-分布 右边界: ' + str(RQ))

# 概率密度函数估计

fig = plt.figure(figsize=(15,4),)

ax=sns.kdeplot(pima.loc[(pima['label'] == 0),'bp'] , color='b',shade=True,label='normal guy')

ax=sns.kdeplot(pima.loc[(pima['label'] == 1),'bp'] , color='r',shade=True, label='dabetic')

ax.set(xlabel='bp', ylabel='Frequency')

plt.title('dabetic Evaluation Distribution - Dabetic V.S. Normal guy')

# 概率密度函数估计

fig = plt.figure(figsize=(15,4),)

ax=sns.kdeplot(pima.loc[(pima['label'] == 0),'pregnant'] , color='b',shade=True,label='normal guy')

ax=sns.kdeplot(pima.loc[(pima['label'] == 1),'pregnant'] , color='r',shade=True, label='dabetic')

ax.set(xlabel='pregnant number', ylabel='Frequency')

plt.title('dabetic Evaluation Distribution - Dabetic V.S. Normal guy')

制作数据集

# 选择预测所需的特征(为了简化，也可全选)

feature_cols = ['pregnant', 'insulin', 'bmi', 'age','glucose','bp','pedigree']

X = pima[feature_cols] # 特征

y = pima.label # 类别标签

# 将数据分为训练和测试数据

X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.3, random_state=1) # 70% training and 30% test

使用无优化决策树模型0

# 创建决策树分类器

clf0 = DecisionTreeClassifier(criterion='entropy'

)

# 训练模型

clf0 = clf0.fit(X_train,y_train)

# 使用训练好的模型做预测

y_pred = clf0.predict(X_test)

dt_roc_auc0 = roc_auc_score(y_test, y_pred)

print ("\n\n ---决策树0---")

print ("决策树0 AUC = %2.2f" % dt_roc_auc0)

print(classification_report(y_test, y_pred))

# 模型的准确性?

print("Accuracy:",metrics.accuracy_score(y_test, y_pred))

可视化训练好的决策树模型

from sklearn.tree import export_graphviz

from sklearn.externals.six import StringIO

from IPython.display import Image

import pydotplus

import os

os.environ["PATH"] += os.pathsep + 'E:/Anaconda/graphviz/release/bin/' #将GraphViz安装目录的bin目录放到环境变量的path路径中

dot_data = StringIO()

export_graphviz(clf0, out_file=dot_data,

filled=True, rounded=True,

special_characters=True,feature_names = feature_cols,class_names=['0','1'])

graph = pydotplus.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue())

graph.write_png('diabetes.png')

Image(graph.create_png())

使用优化的决策树模型1

# 创建新的决策树, 限定树的最大深度, 减少过拟合

clf1 =tree.DecisionTreeClassifier(

criterion='entropy',

max_depth=3, # 定义树的深度, 可以用来防止过拟合

#min_weight_fraction_leaf=0.01 # 定义叶子节点最少需要包含多少个样本(使用百分比表达), 防止过拟合

)

# 训练模型

clf1 = clf1.fit(X_train, y_train)

# 预测

y_pred = clf1.predict(X_test)

dt_roc_auc1 = roc_auc_score(y_test, y_pred)

print ("\n\n ---决策树1---")

print ("决策树1 AUC = %2.2f" % dt_roc_auc1)

print(classification_report(y_test, y_pred))

# 模型的性能

print("Accuracy:",metrics.accuracy_score(y_test, y_pred))

from sklearn.externals.six import StringIO

from IPython.display import Image

from sklearn.tree import export_graphviz

import pydotplus

import os

os.environ["PATH"] += os.pathsep + 'E:/Anaconda/graphviz/release/bin/'

dot_data = StringIO()

export_graphviz(clf1, out_file=dot_data,

filled=True, rounded=True,

special_characters=True, feature_names = feature_cols,class_names=['0','1'])

graph = pydotplus.graph_from_dot_data(dot_data.getvalue())

graph.write_png('diabetes2.png')

Image(graph.create_png())

使用随机森林做预测

from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier

# 随机森林, 通过调整参数来获取更好的结果

rf = RandomForestClassifier(

criterion='entropy',

n_estimators=1000,

max_depth=None, # 定义树的深度, 可以用来防止过拟合

min_samples_split=10, # 定义至少多少个样本的情况下才继续分叉

#min_weight_fraction_leaf=0.02 # 定义叶子节点最少需要包含多少个样本(使用百分比表达), 防止过拟合

)

# 训练模型

rf.fit(X_train, y_train)

# 做预测

y_pred = rf.predict(X_test)

print ("\n\n ---随机森林---")

rf_roc_auc = roc_auc_score(y_test, y_pred)

print ("随机森林 AUC = %2.2f" % rf_roc_auc)

print(classification_report(y_test, y_pred))

# 模型的准确率

print("Accuracy:",metrics.accuracy_score(y_test, y_pred))

ROC 图

# ROC 图

from sklearn.metrics import roc_curve

rf_fpr, rf_tpr, rf_thresholds = roc_curve(y_test, rf.predict_proba(X_test)[:,1])

dt_fpr1, dt_tpr1, dt_thresholds1 = roc_curve(y_test, clf1.predict_proba(X_test)[:,1])

dt_fpr0, dt_tpr0, dt_thresholds0 = roc_curve(y_test, clf0.predict_proba(X_test)[:,1])

plt.figure()

# 随机森林 ROC

plt.plot(rf_fpr, rf_tpr, label='Random Forest (area = %0.2f)' % rf_roc_auc)

# 决策树1 ROC

plt.plot(dt_fpr1, dt_tpr1, label='Decision Tree1 (area = %0.2f)' % dt_roc_auc1)

# 决策树0 ROC

plt.plot(dt_fpr0, dt_tpr0, label='Decision Tree0 (area = %0.2f)' % dt_roc_auc0)

plt.xlim([0.0, 1.0])

plt.ylim([0.0, 1.05])

plt.xlabel('False Positive Rate')

plt.ylabel('True Positive Rate')

plt.title('ROC Graph')

plt.legend(loc="lower right")

plt.show()

通过决策树分析不同的特征的重要性

## 画出随机特征的重要性 ##

import numpy as np

importances = rf.feature_importances_

feat_names = pima.drop(['label'],axis=1).columns

indices = np.argsort(importances)[::-1]

plt.figure(figsize=(12,6))

plt.title("Feature importances by DecisionTreeClassifier")

plt.bar(range(len(indices)), importances[indices], color='lightblue', align="center")

plt.step(range(len(indices)), np.cumsum(importances[indices]), where='mid', label='Cumulative')

plt.xticks(range(len(indices)), feat_names[indices], rotation='vertical',fontsize=14)

plt.xlim([-1, len(indices)])

plt.show()

由此可以看出影响糖尿病最大的前四个特征分别为：insulin/bp/skin/prdigree

实例中除了算法的调用外也有许多分析数据的方法值得学习与思考。