canu安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介

Canu是Celera Assembler的一个分支， 专门用于高噪声单分子测序（例如PacBio RSII或Oxford Nanopore MinION）。Canu将来自PacBio RS II或Oxford Oxford Nanopore MinION仪器的读数组装成独特可组装的重叠群单位。Canu将许多设计和代码 归功于celera-assembler。
Canu可以使用几乎任何形状或大小的硬件运行，从笔记本电脑到具有数千个节点的计算网格。显然，较大的程序集将需要很长时间在笔记本电脑上进行计算，而较小的程序集无法利用数百个节点，因此，在确定可以有效使用哪些硬件方面，正在组装的内容起了一定的作用。
canu中的大多数算法都是多线程的（以使用单个节点上的所有内核），并行化的（以使用网格中的所有节点）或两者（所有节点上的所有内核）。

安装canu-1.8软件

详细步骤
（一）、canu-1.8
支持版本号：1.8及以上
源码包位置：
/home/pct13/canu
已经安装好的版本链接位置：
/home/pct13/canu/canu-1.8
安装步骤：
涉及到的源码安装包：
canu-1.8.tar.gz

1、编译安装canu-1.8

1.	#解压缩  
2.	gzip –dc canu-1.8.tar.gz | tar -xf - 
3.	#进入解压缩后的文件夹  
4.	cd canu-1.8    
5.	#编译  
6.	make -j 8  
7.	#返回上一层目录  
8.	cd ..    

2、安装成功标志

（二）gnuplot-5.2.8
支持版本号：5.2.8
源码包位置：
/home/pct13/canu
已经安装好的版本链接位置：
/home/pct13/canu/gnuplot-5.2.8
安装步骤：

1、编译安装gnuplot-5.2.8

1.	#解压  
2.	tar -zxvf gnuplot-5.2.8.tar.gz  
3.	#进入解压后的文件目录  
4.	cd gnuplot-5.2.8  
5.	#设置安装参数  
6.	./configure --prefix=/home/pct13/canu/gnuplot-5.2.8  
7.	#编译  
8.	make  
9.	#安装  
10.	make install   

2、安装成功标志

canu软件算例

详细步骤
（一）、上传测试数据（数据从Canu官网下载）
打开Canu官网进入Canu Quick Start页面，找到Assembling PacBio CLR or Nanopore data，点击下载fastq数据

将下载的数据上传至服务器。

重命名。

1.	mv ecoli_p6_25x.filtered.fastq pacbio.fastq    
2.	ls -l  

（二）、设置spec文件

1.	vim spec.txt  

（三）、执行

1.	canu -s spec.txt -p ecoli -d ecoli-auto genomeSize=4.8m -pacbio-raw pacbio.fastq