linux下gromacs安装（无root权限不联网不配置环境变量）

简介

GROMACS是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。它的模拟程序包包含GROMACS力场(蛋白质、核苷酸、糖等)，研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。

安装GROMACS-2019.3软件
详细步骤
（一）、mpich-3.2
支持版本号：3.2及以上
源码包位置：
/home/pct13/gromacs
已经安装好的版本链接位置：
/home/pct13/gromacs/mpich-3.2
安装步骤：
涉及到的源码安装包：
mpich-3.2.tar.gz

编译安装mpich-3.2

1.	#解压缩  
2.	tar -zxvf mpich-3.2.tar.gz    
3.	#进入解压缩后的文件夹  
4.	cd mpich-3.2    
5.	#安装路径设置  
6.	./configure --prefix=/home/pct13/gromacs/install --disable-shared    
7.	#编译  
8.	Make    
9.	#安装  
10.	Make install    

（二）cmake-3.10.2
支持版本号：3.10.2
源码包位置：
/home/pct13/gromacs/cmake-3.10.2.tar.gz
已经安装好的版本链接位置：
/home/pct13/gromacs/cmake-3.10.2
安装步骤：

编译安装cmake-3.10.2

1.	#解压  
2.	tar -zxvf cmake-3.10.2-Linux-x86_64.tar.gz  
3.	#进入解压后的文件目录  
4.	cd cmake-3.10.2-Linux-x86_64  
5.	#进入bin文件夹
6.	cd bin
7.	#查看版本信息  
8.	cmake -version  

（三）fftw-3.3.8
支持版本号：3.3.8
源码包位置：
/home/pct13/gromacs/fftw-3.3.8.tar.gz
已经安装好的版本链接位置：
/home/pct13/gromacs/fftw-3.3.8
安装步骤：

编译安装fftw-3.3.8

1.	#解压  
2.	tar -zxvf fftw-3.3.8.tar.gz  
3.	#进入解压后的文件目录  
4.	cd fftw-3.3.8  
5.	#设置安装参数  
6.	./configure --prefix=/home/pct13/gromacs/fftw338 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared  
7.	#编译  
8.	make  
9.	#安装  
10.	make install  

（四）gromacs-2019.3
支持版本号：2019.3
源码包位置：
/home/pct13/gromacs/gromacs-2019.3.tar.gz
已经安装好的版本链接位置：
/home/pct13/gromacs/gromacs-2019.3
安装步骤：

编译安装gromacs-2019.3

1.	#解压缩  
2.	tar -zxvf gromacs-2019.3.tar.gz  
3.	#进入压缩后的文件夹  
4.	cd gromacs-2019.3  
5.	#创建build文件夹  
6.	mkdir build
7.	#进入build文件夹
8.	cd build
9.	#设置安装参数
10.	../../cmake-3.10.2-Linux-x86_64/bin/cmake .. -DCMAKE_C_COMPILER=mpicc -DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx -DGMX_MPI=on -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/pct13/gromacs/gromacs-2019.3 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DGMX_SIMD=SSE2  
11.	#编译  
12.	make  
13.	#安装  
14.	make install  
15.	#进入bin文件夹
16.	cd ../bin

检查是否成功

1.	gmx_mpi -version  

GROMACS软件算例

详细步骤
（一）、官网下载测试数据包并上传
进入gromacs官网
https://manual.gromacs.org/documentation/current/install-guide/index.html#testing-gromacs-for-correctness，点击下载回归测试包。

将下载的回归测试包上传至新集群机器并解压

（二）、执行

#进入回归测试文件夹
1.	cd /home/pct13/gromacs/gromacs-2019.3/regressiontests-2021.1   
#设置GMXRC源。
2.	source /home/pct13/gromacs/gromacs-2019.3/bin/GMXRC
#执行测试
3.	./gmxtest.pl alldouble-only expanded