2019-07-31 MacOSX安装Miniconda3和Bioconda

1. 安装Miniconda3的步骤

• 去官网下载安装文件：Miniconda — Conda中的MacOSX-x86_64-bit (bash installer)，可选择python3或python2.

  wget -c -t o https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
  

• 下载后，可执行并安装：

  chmod a+x Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
  ./Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
  

• 安装成功后，把路径写入bashrc或zshrc的环境变量中：

  vi ~/.zshrc
  export PATH="/Users/deng/miniconda3/bin:${PATH}"
  

• 然后输入source命令：

   source ~/.zshrc
  

• 检验是否安装成功：

  conda list
  

• 显示大致以下命令表示安装成功：

    # packages in environment at /Users/deng/miniconda3:
    #
    # Name                    Version                   Build  Channel
    asn1crypto                0.24.0                   py37_0
    bzip2                     1.0.8                h1de35cc_0
    ca-certificates           2019.5.15                     0
    certifi                   2019.6.16                py37_0
    cffi                      1.12.3           py37hb5b8e2f_0
    chardet                   3.0.4                    py37_1
    conda                     4.7.10                   py37_0
    conda-package-handling    1.3.11                   py37_0
    cryptography              2.7              py37ha12b0ac_0
    idna                      2.8                      py37_0
    libarchive                3.3.3                h786848e_5
    libcxx                    4.0.1                hcfea43d_1
    libcxxabi                 4.0.1                hcfea43d_1
    libedit                   3.1.20181209         hb402a30_0
    libffi                    3.2.1                h475c297_4
    libiconv                  1.15                 hdd342a3_7
    libxml2                   2.9.9                hf6e021a_1
    lz4-c                     1.8.1.2              h1de35cc_0
    lzo                       2.10                 h362108e_2
    ncurses                   6.1                  h0a44026_1
    openssl                   1.1.1c               h1de35cc_1
    pip                       19.1.1                   py37_0
    pycosat                   0.6.3            py37h1de35cc_0
    pycparser                 2.19                     py37_0
    pyopenssl                 19.0.0                   py37_0
    pysocks                   1.7.0                    py37_0
    python                    3.7.3                h359304d_0
    python-libarchive-c       2.8                     py37_11
    python.app                2                        py37_9
    readline                  7.0                  h1de35cc_5
    requests                  2.22.0                   py37_0
    ruamel_yaml               0.15.46          py37h1de35cc_0
    setuptools                41.0.1                   py37_0
    six                       1.12.0                   py37_0
    sqlite                    3.29.0               ha441bb4_0
    tk                        8.6.8                ha441bb4_0
    tqdm                      4.32.1                     py_0
    urllib3                   1.24.2                   py37_0
    wheel                     0.33.4                   py37_0
    xz                        5.2.4                h1de35cc_4
    yaml                      0.1.7                hc338f04_2
    zlib                      1.2.11               h1de35cc_3
    zstd                      1.3.7                h5bba6e5_0
  

2. 安装Bioconda

• 添加channels：

    conda config --add channels conda-forge　　　
    conda config --add channels defaults　　　
    conda config --add channels r　　　
    conda config --add channels bioconda
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
    conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
    conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
    conda config --set show_channel_urls yes
  

• 查看已经添加的channels：

  conda config --get channels
  

• 创建名为bioinfo的环境

  conda create -y --name bioinfo python=3

• 激活bioinfo环境

  source activate bioinfo
  

• 更新miniconda

  conda update conda
  

参考

• Mac 安装bioconda的小备忘 -
• Bioconda 安装与使用 -