R镜像切换与常用包安装

镜像切换系列

# 基本包镜像
# 科大镜像
options(repos="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
install.packages("ggplot2",repos="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")


# bioconductor
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
# 科大的镜像
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite()

修改配置文件永久修改镜像

我的R语言安装目录为

> R.home()
[1] "D:/PROGRA~2/R/R-34~1.2"

修改配置文件：
D:\Program Files\R\R-3.4.2\etc\Rprofile.site
原文件为：

# Things you might want to change

# options(papersize="a4")
# options(editor="notepad")
# options(pager="internal")

# set the default help type
# options(help_type="text")
  options(help_type="html")

# set a site library
# .Library.site <- file.path(chartr("\\", "/", R.home()), "site-library")

# set a CRAN mirror
# local({r <- getOption("repos")
#       r["CRAN"] <- "http://my.local.cran"
#       options(repos=r)})

# Give a fortune cookie, but only to interactive sessions
# (This would need the fortunes package to be installed.)
#  if (interactive()) 
#    fortunes::fortune()

把set a CRAN mirror 那里修改一下，其他的不变：

# set a CRAN mirror
local({r <- getOption("repos")
      r["CRAN"] <- "https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"
      options(repos=r)})

参考：
http://www.bio-info-trainee.com/1561.html
https://brucezhaor.github.io/blog/2016/01/18/choose-cran-mirror/

日常需求系列

install.packages("ggplot2")
install.packages("shiny")

bioconductor 系列

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
biocLite("DESeq2")
biocLite("edgeR")
biocLite("DO.db")
biocLite("GO.db")
biocLite("clusterProfiler")