（转载）ubuntu批量处理数据

使用生成的索引文件对RNA-Seq进行比对拼接

nohup hisat2 -p 8-x /home/czou/lixin/b/chrX_data/indexes/ -1 ERR188044_chrX_1.fastq -2 ERR188044_chrX_2.fastq -S ERR188044.sam &

for i in *1.fastq; 

do

i=${i%1.fastq*};

hisat2 -p 8-x /home/czou/lixin/b/chrX_data/indexes/chrX_tran -1 ${i}1.fastq -2 ${i}2.fastq -S ${i}.sam 

done

SAM tools 排序及格式转换

samtools sort -@ 8 -o ERR188044_chrX_.bam ERR188044_chrX_.sam

for i in *.sam; 

do

i=${i%.sam*}; 

samtools sort -@ 8 -o ${i}.bam ${i}.sam  

done  

stringtie 序列初组装

stringtie -p 8 -G /home/czou/lixin/b/chrX_data/genes/chrX.gtf -o ERR188044_chrX_.gtf ERR188044_chrX_.bam

for i in *.bam; 

do 

i=${i%.bam*}; 

nohup stringtie -p 8 -G /home/czou/lixin/b/chrX_data/genes/chrX.gtf -o ${i}.gtf ${i}.bam & 

done

合并

stringtie --merge -p 8 -G  /home/czou/lixin/b/chrX_data/genes/chrX.gtf -o stringtie_merged.gtf                                  /home/czou/lixin/b/chrX_data/mergelist.txt    

检测转录本与参考注释的比较

gffcompare -r /home/czou/lixin/b/chrX_data/genes/chrX.gtf  -G -o merged stringtie_merged.gtf       

评估表达量，并为ballgown包提供输入文件

stringtie -e -B -p 8 -G /home/czou/lixin/b/chrX_data/samples/sam/gtf2/stringtie_merged.gtf -o                                              ballgown/ERR188044_chrX/ERR188044_chrX.gtf /home/czou/lixin/b/chrX_data/samples/fastq/ERR188044_chrX_.bam

for i in *_chrX_.bam; 

do 

i=${i%_chrX_.bam*}; stringtie -e -B -p 8 -G  /home/czou/lixin/b/chrX_data/samples/sam/gtf2/stringtie_merged.gtf -o ballgown/${i}/${i}_chrX.gtf  /home/czou/lixin/b/chrX_data/samples/fastq/${i}_chrX_.bam  

done

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作者：大新1234

来源：CSDN

原文：https://blog.csdn.net/qq_41933915/article/details/81873596

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