rmats2sashimiplot可变剪切可视化

官网：https://github.com/Xinglab/rmats2sashimiplot

安装：略

使用：

py2.7使用

1.先给bam建index

2.直接：

gff3=/media/pc/disk1/sun/refdata/ensembl_GRCm38/Mus_musculus.GRCm38.94.chr_patch_hapl_scaff.gff3

rmats2sashimiplot --b1 DMSO1.sorted.bam,DMSO2.sorted.bam --b2 OHT1.sorted.bam,OHT2.sorted.bam -c $gff3 -t SE -e SE.plot.5.txt --l1 DMSO --l2 OHT --exon_s 1 --intron_s 1 -o SE.plot

参数：

--b1 s1.rep1.bam[,s1.rep2.bam]

--b2 s2.rep1.bam[,s2.rep2.bam]

-t eventType 'SE', 'A5SS', 'A3SS', 'MXE' or 'RI'

-e eventsFile 需要画的对象txt构建

-c coordinate:annotaionFile gff3文件

--l1 SampleLabel1 The label for first sample.

--l2 SampleLabel2 The label for second sample.

-o outDir  The output directory 输出文件夹

嘿嘿：