七月是燃烧的夏天
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Day Seven-夏天

测序知识

NGS测序又称为二代测序，第二代DNA测序技术(next generation sequencing )-循环阵列合成测序法。

主要平台有：
  • 罗氏454公司的GS FLX sequencer
  • Illumina solexa genome analyzer
  • ABI公司的SOLiD sequencer
    二代测序大幅度提高了测序速度，降低了测序成本，保持了高准确性。
  • 第一代DNA测序技术桑格尔-双脱氧链终止法是最为经典的一代测序技术，至今仍是测序行业的金标准。
  • 第三代测序技术以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies 的纳米孔单分子测序技术为标志，不需要经过PCR扩增，超长读长，可达二代测序的100倍以上，实现了对每一条DNA分子的单独测序。错误率比二代要高，达到10-15%。
Fastq与Fasta

NGS测序大部分采用Illumina公司的测序仪，下机拆分后得到的是fastq格式文件，基本都是以.fq.gz格式为结尾的。

  • FASTQ是一种存储了生物序列（通常是核酸序列）以及相应的ASCII编码质量评价的文本格式；
  • FASTA中碱基对或氨基酸用单个字母来编码，且允许在序列前添加序列名及注释。

fastq = fasta + quality

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