插件 | 人人-点点点-光速下载 NCBI/ENA NGS原始数据

今天有趣,看到两个微信群讨论到 Mol Plant 网站上 TBtools 的文稿是Most Read,亦即期刊主页上去看 TBtools 文稿的人相对较多。

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基于期刊网站数据,TBtools 正式文稿发表后,目前被引 28 次。

不过事实上,TBtools 2020年元旦至今引用应是超过 500【已然实现了之前的Typo,那会计算错了,以为日均2个Citations,不过现在已经是事实】。平均到 8 个月,那么每个月也要有 60+ 个引用。换句说,保守起见,TBtools 正式文稿发表至今,多少也要有 100+ 个引用才正常。
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然而,现在两个月只有 28 个,说明,其实很多人依旧不知道 TBtools 已经发表了。我尝试在 google scholar 检索,确实检索不到 MP 文稿。不时还是有人会在 用户交流群 或者是 公众号 上问题引用文件。于是,这里继续放出一个链接,希望大家如果使用 TBtools 并方便引用时, 直接引用 MP 文稿,跳转以下链接即可:

https://www.cell.com/molecular-plant/fulltext/S1674-2052(20)30187-8

回到主题。

写在前面

最近学位论文七七八八,于是我也可以拿出撰写过程中产生的一些想法,逐一验证(换句话说,先保证毕业,新的想法看情况再说)。既然要验证,就需要分析一些数据 更或者说 下载一些公开可获取的测序数据。要快速下载这些数据,其实比较麻烦:

  1. Aspera 是最优选择
  2. 在审计服务器下的主机用不了,意味着 SCAU 校园机房的服务器用不了,所以只能本地下
  3. 本地最好是用 Linux,那么要配置环境,Sad!
  4. 本地 Windows 或者 Mac 也可以,但是一样,环境又得搞,麻烦
  5. 最后,还要输入命令!....麻烦啊

知道我的人都很清楚,我是一个正经的懒人。于是我决定必须打包起来,这样所以 TBtools 用户,包括我,就可以光速下载测序数据,而不用浪费时间去折腾。
于是,Ascp GUI Wrapper - 插件小九?就产生了。

获取与安装插件

首先,这个插件只支持 Windows 和 MacOS 用户(因为 TBtools 的Linux 操作平台用户不超过 10 个,所以我是不会管他们的)。获取插件的方式很简单,直接加到任一 TBtools 用户交流群(最新QQ群号:1009773095) ,在群共享下载即可。
Ascp GUI Wrapper 是一个 Wrapper,所以是一个打包插件,文件格式为 .zip。


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安装插件时,打开 TBtools,点击插件安装菜单,


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随后,拖拽放置 .zip 文件


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点击打开,即可安装完成


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使用插件

打开 TBtools,并跳转到插件菜单


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即可看到界面


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image.png

按 Note 中的链接要求准备链接,存储在文件中,或者直接 黏贴进去。设置输出目录,点击 Start,然后等着就是了。
如果你想知道进度,那么 About 菜单下,找到 Debug Log,打开看看就是了。

恩,一切过分简单

如何获得链接

最好的获得方式,其实还是 TBtools。具体请参考两篇推文:
挖掘SRA的辅助小工具(NCBI高通量测序数据收录库)
https://mp.weixin.qq.com/s/amsG4dEYwXU-DyRVvI9d7A
以及
公开可获取~没有下载不到的测序原始数据!
https://mp.weixin.qq.com/s/CS04e0QRjq0B-NZUfCpUAg
现在这两个功能,都已经优化,自动输出 Aspera 的链接。当然了,你得更新 TBtools 到目前最新版 v1.0532 或者更新的版本。

写在最后

人是懒人~ 但还是要做点省时省事的。
大伙用了 TBtools,忘了或者不方便引用没关系,记得多推广,越多人用的工具,只会变得越稳健,已经功能丰富和强大。
但如果你方便在论文中引用,请还是引用 Mol Plant 文稿,点击阅读文本,跳转期刊文稿页面(似乎...变成开放获取的,印象我们没选开放获取....)
总之,祝大伙科研顺利了。

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