SRA-toolkit使用

        之前下载SRA的数据，使用 prefetch -v SRA    --max-size 100G  下载数据，经常会出现下到一半就断网的情况；后来尝试使用wget下载，但wget下载后的SRA数据，在用fastq-dump转化成fastq时，会出现错误（使用迅雷下载就不会出现这种问题）。后来搜集到一种方法，现记录下来：

Step1：首先下载aspera并安装

                wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

                tar -xzvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz

                sh  aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh

                查看是否安装成功 cd 到家目录，然后ls -a之后会有.aspera目录；.aspera/connect/bin/ascp  -h   测试是否安装成功；

 Step2：将ascp 添加到环境变量

               echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc

               source ~/.bashrc

 Step3：使用prefetch下载数据

                prefetch -v ERR1955423 --max-size 100G

                 这样 perfetch就会 默认aspera下载

                 sra数据会下载到家目录下的ncbi/public/sra中

 Step4：将SRA转化为fastq（pair-end）

fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@$ac-$si/$ri'   ERR1955398.sra

备忘录-----SRA在NCBI上的存放路径

以下是NCBI 存放SRR5483089的路径

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR548/SRR5483090/

可见ftp构成：

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/+SRR+登陆号前三位数字（548）+/SRR+完整登陆号（5483089）

进入即可看到FTP文件,可以直接下载或者通过复制链接用wget 下载

如果按SRP下载文件的话，构成是

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/+SRP+SRP前三位数字 (105) +/SRP+SRP的完整登陆号(105315)

参考网址：

https://www.cnblogs.com/ywliao/p/7356528.html

https://www.jianshu.com/p/19ae29e54c59