学习小组Day4笔记-----张钧保

下载R和Rstudio

R的官方下载https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/

此处选择base

版本选择

下载Rstudio
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
此处版本随电脑配置选即可

查看电脑用户名，必须为英文才行，否则会安装失败，可以临时建立新用户。

调试Rstudio

于左上工具栏，选择Tools最后一个选项，后选择packege，

切换镜像

先切换镜像，可在Appearance处对颜色进行调整

R 安装升级后的若干规定动作

新建文件

先输入
file.edit('~/.Renviron')
点击run,会进入一个空白的文本，在里面填写,这个 D:/Rlib表示，以后所有的R包装到这个目录。 关闭这个文件，并保存。
回到最初的页面输入
file.edit('~/.Rprofile')
点run，在弹出的界面输入，

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
 CRANextra = "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
#cran

安装 BiocInstaller

用迅雷下载它https://bioconductor.org/biocLite.R
后以Rstudio打开，在开头处加入

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
 CRANextra = "http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
#cran

关闭并保存，回到最初的页面输入
getwd（）
即可看到R的安装路径，将刚才的文件转移到这即可
随后输入

source("biocLite.R")
BiocInstaller::biocLite()

完成安装

可以随便加载一个包试试

install.packages("tidyverse")
BiocInstaller::biocLite("limma")

指令

1.重新设置存储路径
setwd(dir="文件位置")
2.getwd可查看存储路径
3.查看文件
list.files()
4.查看文件信息

ls() #列出变量名
str(a)  #打出变量的具体信息
ls(all.name=TRUE)#将以.开头的对象也一并列出

5.赋值
赋值符号用<-，这是小于号加上减号，也可以按Alt加上减号
x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x,赋值后，x会显示在右上角的框，Environment里的Value列表里
直接输入x 回车 出现3,前面的那个[1]是个行号，3就是x的值

赋值

6.删除

rm（）

内填入变量即可
7.列出历史纪录
history() #列出全部
history(10)#只列出指定条数的记录
8.清空屏幕
ctrl+l
9.保存工作空间
save.image保存数据和绘图函数。