学习小组Day3笔记--Gu

第二十期 Day3 Linux环境下的软件安装

检查 有没有bzip2 显示没有。。。

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自己安装 输入 yum install -y bzip2

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安装成功

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wget 命令

可以复制链接
输入 wget 加链接 拷贝是鼠标右键 复制是左键

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失败了 = =！！

再来一次 ok

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手动安装一下 用 bash 这个安装指令
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

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出现很多东西

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然后按yes

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再yes

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thank you for installing

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接下来激活 conda
source ~/.bashrc

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输入conda
满屏信息成功了 虽然我也不知道是啥

满屏心系

添加镜像—
一行一行输入 一行一行回车

图片来自生信星球

开始使用conda

1.检查列表
conda list
这里没有图 因为服务器突然挂了 - -
2.搜索 软件 fastqc
输入 conda search fastqc

conda search fastqc

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3.安装软件 conda install fastqc -y

conda install fastqc -y

y是自动安装的意思

4.又输了一次 没加y
因为已经安装了 似乎没啥不一样

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5. 删除 fastqc
   conda remove fastqc -y

   
   
   

   conda remove fastqc -y
   
   

   全部删完

   
   
   

   image.png

6.检查conda 环境
conda info --envs

图片来自生信星球

只有一个环境 base

7.先建立一个名叫rnaseq的conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

8.再检查一次环境 conda info --envs

image.png

多了一个 rna-seq

9.将rnaseq 移到base前面 其实是激活rna环境

conda activate rna-seq

在输入fastqc
出现一群东西 是说明
说明软件可以使用

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10.卸载环境
conda remove -n rna-seq fastqc -y

image.png

要卸载环境中的全部软件，也就是卸载整个环境卸载环境的时候，需要先退出当前环境再删除，使用 conda deactivate

卸载环境conda remove -n rna-seq --all

感想

今天还算顺利 一步步下来没有遇到太大问题，看到RNA-seq有点激动，因为想学一下如何分析RNA-seq，当然了 我还需要学习很多，毕竟才刚刚开始学习。
还是感谢两位，办了这个学习班，我觉得蛮适合我。
还有个问题 为啥这个每天的教程是 一天就失效呀，如果笔记没做好 或者做漏了 想再学 就没有机会了么？
附上思维导图

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